調解新四軍領導人的關系
周恩來到皖南還有一個重要任務，是調解和改善新四軍領導人葉挺和項英的關系，確定葉挺在新四軍的應有地位和職權。
葉挺是出身于正規軍校的北伐名將，項英則經歷了多年游擊戰爭，他們經歷不同，愛好、習慣、作風、經驗都有一些不同，相處中難免產生一些矛盾。葉挺當時不是共產黨員。如何既尊重這位非黨軍長的職權，又堅持共產黨對新四軍的絕對領導，作為黨委書記的項英顯然未能妥善把握。更重要的是，他們對新四軍怎樣發展在認識上也有不同。1938年4月，蔣介石命令新四軍集中出南陵，依大茅山脈向蕪湖、宣城一帶行動。項英認為“不能接受，顯系借刀殺人”，而葉挺則認為可行。4月18日，項英致電毛澤東、陳紹禹、周恩來：“蔣壓迫，葉不能反抗。應由黨負責交涉。四軍因黨不出面，以間接方式解決，使問題愈棘手。”這是想撇開葉挺，由他代表新四軍與國民黨方面交涉。但是，毛澤東卻同意葉挺的意見，于4月21日電示：“開經南陵一帶亦未為不可。因敵犯長江上游時，南陵一帶據于敵之側后，正好活動。”5月4日，毛澤東又致電項英，囑他“始終保持與葉同志的良好關系”。
6月7日，周恩來與陳紹禹、博古、葉劍英一起致電毛澤東、張聞天，主張接受葉挺的要求，“在新四軍組織一個委員會，以便共同商議處理一切軍政問題”，并建議這個委員會以項英為主席，葉挺為副主席。6月9日，毛澤東、張聞天就復電：“同意組織新四軍委員會”，“項為主任，葉為副之”。
項英并未聽從中共中央要他尊重葉挺的勸告，與葉挺的關系沒有明顯改善，甚至連中共中央的一些重要指示也不向葉挺傳達。葉挺深感難以工作，于1938年8月致電陳紹禹、周恩來、博古，表示準備辭去新四軍軍長職務。8月28日，周恩來等在離武漢回延安出席中共中央政治局會議的前一天，致電葉挺表示挽留，并說：“項英同志已回延安，我們不日也往延開會。關于新四軍工作，請兄實際負責。”“我們深知兄在工作中感覺有困難，請明告。我們正幫助你克服這一困難。延安會畢，我們擬來一人幫助整理四軍工作。”
葉挺雖然在新四軍又留了一些日子，但離開新四軍的念頭仍難以打消。他在9月30日電催項英速回新四軍，并說：“我擬于下月初赴顧（祝同）處一行，如能請準假，則返香港，觀察各方情形。”項英回到新四軍后，于10月23日急電中共中央軍委轉周恩來說：“葉之辭職系（愈）堅，本問題無可挽回。目前四軍問題應直接由周與蔣解決繼任人。以后四軍與八路軍共同由黨直接解決各種問題，才是根本之辦法。”這個電報說明項英沒有努力挽留葉挺的愿望。隨后，葉挺經江西、廣東赴香港。
周恩來當然不能同意項英的意見。11月2日，他和葉劍英電告項英：“希夷尚未見，正從各方面探訪中。我們擬向希夷說明兩點：一、新四軍應保持我黨領導，不能改變現行制度，此事已向蔣說明過，希夷不應有異議；二、至于工作關系不良，可以改善，而且應當改善。”電報中還說：“我們估計希夷不回部，蔣亦不肯另委別人。為著統一戰線的繼續發展，希夷回部工作是有利的。”
葉挺到香港后,得知他的家鄉廣東惠州一帶已有中國共產黨領導的抗日游擊隊。他向在香港的中共代表廖承志表示：自己在廣東的作用更大，愿意留在廣東從事游擊戰爭。接著，他率領在香港組織起來的軍政人員百余人奔赴東江，還收編了潰散在廣九鐵路附近的5000粵軍。
葉挺要求辭職，在國民黨方面也引起很大反響。1939年1月8日，周恩來致電中共中央書記處說：蔣介石屢稱，連葉挺都不能與你們合作，將無人與你們合作。電報又說：蔣介石對新四軍可能采取兩種辦法，一是另派更難相處的軍長（不會派劍英去），一是改新四軍為游擊隊，減少軍款兩萬，這樣對我更不利。周恩來提議，葉挺仍回新四軍，解決的原則是：“共產黨領導必須確定，工作關系必須改變，新四軍委員會可以葉正項副，項實際上為政委。”1月10日，中共中央書記處復電周恩來并告新四軍：“新四軍問題以爭取葉挺回四軍工作為原則。共產黨對新四軍之政治領導不能改變，但應尊重葉之地位與職權。我們提議項多注意四軍總的領導及東南局工作，而將軍事指揮與軍事工作多交葉辦。”“委員會葉正項副我們同意。同時在新四軍干部中進行教育，以確定對葉之正確關系。因葉挺工作問題之解決，影響新四軍前途及全國同情者對我之態度，關系頗大。”
經過周恩來等的工作，葉挺將東江縱隊交給中共粵東南特委和曾生指揮，于1939年2月初到重慶，向蔣介石表示愿回新四軍工作，并同周恩來、葉劍英作了長談。2月3日，周恩來電告毛澤東、王稼祥并轉項英：葉挺準備回去，并表示新四軍問題好解決。“他只因自己非黨，工作困難，大家信任差。”“我們力勸其回，并以確立制度必能解決工作困難與關系。”
周恩來偕同葉挺到新四軍軍部后，向新四軍領導干部傳達了中共中央關于葉挺工作問題的意見，并多次找項英談話，要他改善同葉挺的關系。周恩來嚴肅地批評項英說：葉挺是個好同志，很有軍事才能，這樣的將領如不去團結，還要團結誰呢？又說：葉挺是熱愛黨的事業的，熱愛人民解放事業的，不能認為他現在不是黨員就不歡迎他。他參加黨，不如留在黨外對黨的工作有利得多。
在周恩來的幫助下，項英作了自我批評，表示要同葉挺搞好團結。他雖然并未完全消除對葉挺的成見，但關系有所改善。據當時任新四軍秘書長的李一氓回憶：“周恩來走后，葉項之間開始保持一種和諧的狀態。”
陳毅對周恩來的這次調解工作評價很高。1955年4月第一次亞非會議期間，陳毅與新西蘭友人路易·艾黎談到周恩來比自己高明時，舉例說：“新四軍從集中整編起，內部就存在矛盾，葉挺軍長和項英副軍長之間的關系很緊張。我對項英很尊重，私人關系也很好，但是在軍事戰略方針上我卻支持葉挺。我同項英多次在私下談，在會上爭，總是誰也說服不了誰。1939年2月恩來同志到新四軍軍部做了三個星期的工作。經過他的批評教育，項英作了自我批評，同意了‘向南鞏固，向東作戰，向北發展’的戰略方針。”路易·艾黎說：“我聽不少中國同志談過這段歷史，他們都肯定周恩來同志那次的工作確實很出色。”
親切慰問皖南抗日軍民
周恩來在皖南期間，聽取了新四軍領導人和支隊領導人的匯報，與軍部各部門的干部舉行了座談，到連隊和教導總隊、戰地服務團、后方醫院視察，并且與當地的抗日民眾組織代表及農民作了交談。在廣泛的接觸中，周恩來不但進行了周密的調查研究，而且親切地表達了對抗日軍民的慰問。
2月23日，即周恩來到達云嶺的當天晚上，他在項英舉行的歡迎晚宴上致答詞，首先轉達了中共中央、中央軍委對葉挺、項英和戰斗在大江南北的新四軍指戰員的問候。周恩來說：“黨中央、中央軍委和毛主席對新四軍迅速集中組編是滿意的，對新四軍的戰略展開和已經取得的勝利是高興的，對新四軍在敵后斗爭中的困難是理解的，對新四軍在華中敵后的作用是寄予厚望的。”他祝愿新四軍在黨的六屆六中全會精神指引下，在抗日戰爭進入新階段的形勢下，取得更大的勝利。
周恩來到第一團視察時，觀看了他們繳獲的日軍文件、地圖等戰利品，給班長以上干部講了話。這時已是中午，他來到連隊，和戰士們一起用餐。他端起一碗糙米飯，就著野菜吃起來，邊吃邊問戰士：“怎么樣？不太好吃是吧？”接著說：“我們的部隊生活確實苦，住在山溝里，吃的是野菜、糙米飯。可我們是共產黨領導的革命隊伍，是人民的子弟兵，是抗日的隊伍，是為人類解放的隊伍，不吃苦是不行的，不吃苦就不能打垮日本侵略軍，窮人就沒有好日子過。”
吃過飯，大家稍事休息。周恩來還向戰士們講述了抗戰形勢與新四軍的發展方向。無拘無束的交談，使戰士們深受鼓舞，倍感溫暖。
周恩來十分惦念在戰斗中負傷或是積勞成疾的新四軍指戰員。來云嶺時途經黃山，他沒有去欣賞久已聞名的奇松、怪石和云海，而是看望了在那里療養的新四軍傷病員。后來，他又特地去涇縣、旌德、太平三縣交界的小河口，看望新四軍后方醫院的傷病員和醫務人員。他看到病房雖然設在祠堂和茅草房中，設備也較簡陋，但醫院有化驗室、手術室、X光室、營養室，甚至還有沐浴室和滅虱室，工作規范，環境整潔，很是高興。護士蔣智和患肺結核病，在隔離治療。周恩來聽說后，特意去看望她，囑她安心養病，爭取早日康復。蔣智和請求周恩來題詞。周恩來問：“你是哪里人？”蔣智和答：“我是江蘇宜興人。”因為宜興已被日軍占領，周恩來就題：“打回宜興老家去！”
周恩來對參加新四軍的知識分子給予了格外的關愛。他在后方醫院專門同醫護人員談話，對他們的辛勤工作表示感謝。周恩來說：黨對技術人員是一貫有政策的，是愛護的，尊重的。新四軍成立不久，很需要技術骨干。他勉勵醫護人員在抗日救國的目標下，同心協力，安心工作，救死扶傷，當好白衣戰士，努力為傷病員服務。他還教育黨員干部要正確對待知識分子，加強同非黨知識分子的團結，批評了不尊重知識分子，鄙視技術工作的錯誤思想。
周恩來又到離云嶺十多里的中村，看望新四軍教導總隊的學員。這里既有來自部隊的戰斗骨干，也有許多滿腔熱情來參加新四軍的知識青年。周恩來勉勵他們加強團結，互相學習，掌握本領，為打敗日本侵略者作出貢獻。3月14日，周恩來在離開云嶺的前夕，還會見了在教導總隊工作的經濟學家薛暮橋和他的夫人羅瓊，關切地詢問了他們的工作情況，肯定了他們的成就。
新四軍戰地服務團聚集了一批作家、戲劇家、音樂家、美術家和熱愛文藝工作的知識青年。周恩來專程到服務團駐地新村與他們座談，對他們表示慰問，希望他們用知識為新四軍的戰斗和建軍服務。在皖南的日子里，周恩來觀看了服務團演出的陳白塵編劇的話劇《魔窟》，又看了服務團自己創作的短劇《春耕曲》《母親》等。演出結束，他登臺與演員一一握手致謝，又到后臺看望舞臺工作人員，向他們表示感謝。管服裝的女團員焦恭貞找出一塊白綢，請求周恩來和其他領導人題詞留念。周恩來欣然答應，在3月10日用毛筆題寫：“為創造民族革命的藝術而奮斗！”后來，焦恭貞在皖南事變中突圍時帶出了這件文物，至今還珍藏著。
周恩來聽說云嶺一帶的民眾已經組織起來，成立了農抗會、婦抗會、青抗會，感到滿意和高興。他邀請這些民眾抗日團體的代表，到新四軍軍部作為會場的陳氏祠堂開座談會，向他們宣講抗戰形勢和前途，了解他們開展抗日活動的情況，教育他們掌握好團結各方面群眾共同抗日的政策。古色斑駁的祠堂的兩扇大門上，貼著“軍民合作”、“抗戰到底”的標語，揭示了這次座談會的主題。有一天，周恩來還讓軍部伙房置辦了幾桌酒菜，請這些民眾抗日團體的負責人聚餐。他看到婦抗會主任不好意思吃菜，就說：“這是我用國民政府軍事委員會政治部的薪俸，請大家吃飯，慰勞大家對新四軍的支援。讓我們為軍民團結，為抗日戰爭的勝利干杯！”
周恩來在百忙中總是利用一切機會接觸群眾，向群眾作宣傳。有一段日子他住在石頭尖村的老貧農董光裕家里。他有空就和老董拉家常，講抗日救國的道理和抗戰必勝的前景。3月初的一天，梅村的交通員梅柏林挑著一擔木炭到石頭尖村，被周恩來遇到了。他滿面笑容地和梅柏林握手，同他親切交談，講當好交通員的意義，還把隨身帶來的一本中國分省地圖贈給梅柏林，說：“這本地圖冊對你的工作可能有點用處。”在路過湘潭村時，村里的中共地下黨員李鐘英為他們準備渡青弋江的竹筏。周恩來也利用這個機會，向李鐘英了解地方組織的情況，對戰斗在農村的共產黨員表示鼓勵和慰問。
周恩來聽說張太雷烈士的女兒張西蕾在新四軍，立刻將她請來見面。他拉著張西蕾的手，對在座的葉挺、項英、陳毅動情地說：“她長得多像她父親啊！”在詳細詢問了張西蕾一家十多年來的經歷以后，周恩來要陳毅馬上派人去常州，將張太雷烈士的親人接到新四軍來。在離開云嶺時，他又告訴項英，在張西蕾的弟弟張一陽來到新四軍后，要把他們姐弟送往延安，讓他們有更好的條件學習。
周恩來一貫對烈士懷有深深的敬意。他得知新四軍第三團副團長邱金聲和第二團政治處主任蕭國生犧牲，在3月13日為《抗敵報》寫了《紀念邱金聲蕭國生兩同志》。悼文指出：“他們兩人之死，代表了新四軍高級干部奮斗犧牲的領導精神，更代表了多年奮斗至死不息的革命者的意志，不畏強寇勇往直前的青年政工人員的模范。兩同志雖死，他們的精神永遠照耀于新四軍，光輝于全民族。他們的血跡，有全國的抗戰將士踏著前進。他們的事業，有全國的愛國同胞接續在做。中華民族是不會亡的。兩同志的精神永遠不死！”
言傳身教統一戰線工作
周恩來給新四軍干部作的又一個重要報告，是《關于統一戰線工作》。在此之前的1938年9月30日，周恩來曾在中共六屆六中全會上作過《關于統一戰線》的報告。在皖南，他根據六中全會精神，聯系新四軍的實際，詳細論述了抗日民族統一戰線的性質、特點、形式、原則、方法及其發展前途，強調了必須堅持統一戰線中的獨立原則，批判了“一切經過統一戰線”、“一切服從統一戰線”的錯誤思想。
在《目前形勢和新四軍的任務》這個報告中，周恩來也指出：“要堅持統一戰線。拿統一戰線的發展來擊退敵人的一切造謠中傷，團結我們周圍的友黨、友軍、地方政府和廣大民眾，造成有利的工作環境。”這是新四軍克服困難的基本條件之一。“由勞苦群眾以至上層分子，只要不當漢奸，都是我們要團結的。”
周恩來的皖南行，還為新四軍作出了履行抗日民族統一戰線的示范。
2月23日，周恩來到云嶺那天，途經太平縣三門鄉，曾在開明士紳劉敬之家休息。劉敬之是三門鄉聯保主任，擁有大片茶園、林場和設在屯溪、蕪湖的茶莊。他的長子劉寅，字旭初，是三門鄉小學的校長。三門是江西、浙江通往云嶺的門戶。來往的新四軍干部戰士常在劉家食宿，因而把這里稱為新四軍的“義務兵站”。周恩來在劉家休息的時間不長，但很高興有機會結識劉氏父子，向他們介紹了抗戰形勢和結成抗日民族統一戰線的重要性，也向他們了解了當地的風土人情，還為他們對新四軍的支持表示了感謝。
3月15日，周恩來結束了在新四軍三個星期忙碌的工作，完成了視察新四軍的預定任務，登上前往浙江的旅程。這天中午，他再次途經三門鄉，到劉敬之家休息和午餐。飯后，劉敬之取出筆墨紙硯，請求周恩來題詞留念。周恩來稍加思索，欣然命筆：“綏靖地方，保衛江南，為全聯導，為群眾倡。”并有附記：“因抗日機緣來皖南，道出三門，兩遇劉主任及其公子。談及捍衛鄉里，驅逐日寇，大義凜然，亟可欽佩。爰書此應敬之主任及其公子旭初先生之囑。周恩來”
劉寅2月間聽了周恩來的談話，已萌發了參加抗日的念頭。這次交談中，他向周恩來提出想到延安去。周恩來鼓勵他說，要求抗日很好，這里新四軍，有抗日的隊伍，到新四軍去同到延安去是一樣的。三個月后，劉寅即參加了新四軍。
劉敬之結識了周恩來，對共產黨、新四軍的感情更加深厚。1941年皖南事變發生后，他利用茶園、林場作掩護，先后護送多名新四軍干部戰士突圍回到部隊。他因此四次被國民黨政府逮捕入獄。抗日戰爭勝利后，劉敬之轉輾到了南京，曾給在重慶的周恩來寫信訴說他的遭遇。周恩來不忘舊交，寫了回信，全文如下：
敬之先生惠鑒：
久違道范，只以事忙，未及時修函（問）候為歉。憶遠歲既兩擾堂階，復多蒙遙賚名茶，隆情厚愛，遂令人心焉銘感。頃奉臺函，備悉先生歷年正面強暴，義薄鄉邦，是以招叢忌妒，四構囹圄，然猶持身不阿，未肯青黑隨染。現且貽及七六老兄，無辜待贖。先生迫得遠循逋藪，避難京都。先生所際至堪同情，而先生所懷尤可景仰矣。承示囑托，力之所逮，自當勉為。尚望遠矚民主之前途，續作仗義執言之努力，放眼寬懷，善自珍重。至所盼禱。此肅復。敬候
道安
周恩來謹啟
四月廿二日
中華人民共和國成立后，劉敬之任安徽省政協委員，省文史館館員。他在談及周恩來與他的交往時說：“他是一位為人誠摯、和藹可親的偉大政治家。他的教誨發人深省，令我沒世難忘。”