新中國成立初期的李先念
為適應革命斗爭形勢發展，根據中共中央和中央軍委的決定，由鄂豫、江漢、桐柏3個軍區于1949年5月在湖北孝感縣花園鎮（現為孝昌縣）進行整編，成立湖北軍區，由李先念任司令員兼政治委員，并召開了中共湖北軍區第一次代表大會，李先念為書記。
配合野戰軍發起鄂西南戰役，解放湖北全境
軍區成立時，國民黨軍宋希濂部仍盤踞在湘鄂邊區負隅頑抗，白崇禧部主力仍陳兵江南洞庭湖一線。按照黨中央、中央軍委部署，李先念指揮湖北軍區獨立第一師南進，會同在襄西的獨立第二師及荊州、宜昌分區部隊，配合四野主力，追殲國民黨軍殘部，于7月4日發起宜沙戰役。李先念指揮軍區部隊對各地殘敵展開了猛烈的軍事打擊和政治攻勢，將潰逃的國民黨軍宋希濂部壓縮在鄂西南的巴東、五峰、恩施山區，先后解放了宜昌、沙市及松滋、公安等縣，爭取國民黨專員周上藩以下2500人投誠。10月底，李先念布置指揮獨立第一師、第二師和宜昌分區部隊，配合二野、四野主力發起鄂西南戰役，歷時18天，共殲滅國民黨軍1.5萬余人、反動地方武裝1萬余人，解放了長陽、五峰、恩施以及湘西、川東部分地區。至此，湖北全境解放。
為了加強對支前工作的領導，李先念領導湖北省人民政府、湖北軍區組成聯合支前司令部，沿平漢、粵漢鐵路，長江、漢水等交通要道，建立各級支前機構，從軍區派遣大批干部進入新區，集中于沙市、宜昌地區，協助地方政府儲備糧食柴草、修橋補路，組織擔架運輸等工作。8月20日，二野進入湖北境內，李先念要求：“各級支前機關按照需要及可能布置之供應任務，下級應有盡有堅決保證完成，不得討價還價，耽誤軍機”。特別強調“部隊必經地區和休整地區，應用各種辦法保證供應”。
據不完全統計，從1949年5月至1950年5月，湖北省軍民共為野戰軍供應軍糧8000萬公斤，木柴1億公斤，草料2000萬公斤，維修公路2650公里，修建橋梁300余座，恢復汽車站60多處，動用民工1000萬余人（次），參加渡江舟船5000多只。按照李司令員的指示，軍區在襄河、沙市成立了支前指揮部，統一領導和調度，使湖北西線經常保持650多只大小木船的運力，把幾十萬斤糧食運到前方，有力地支援了四野南下和二野西進。同時，地方醫院在部隊必經的路口設立20多個醫療急救站，為部隊官兵看病治病，全力收治傷員。
組織剿匪反霸，穩定社會秩序
在野戰軍西進南下離開湖北之后，國民黨殘余勢力操縱的土匪騷擾活動十分猖獗，據湖北軍區剿匪指揮部1949年上半年統計，湖北境內共有大小股土匪近5萬余人，對生產建設、支援前線和人民政權構成嚴重威脅。
1949年7月27日，李先念在湖北軍區第一次黨代會上提出“要有重點地肅清各區股匪、散匪”的要求，對全省剿匪反特工作作出部署：成立西線指揮部，配合野戰軍阻擊國民黨軍宋希濂兵團東犯。獨立第三師及黃岡軍分區部隊進入鄂東大別山地區剿匪；沔陽、荊州、孝感等軍分區及宜昌、襄陽軍分區，清剿股匪、散匪，配合地方政府開展工作，鞏固政權，穩定大局。
1949年8月6日，湖北軍區成立鄂豫皖邊區剿匪指揮部，由王樹聲任總指揮,組成北線部隊，進剿大別山地區的股匪；沔陽、荊州、孝感、宜昌等軍分區及鄂西北地區的部隊，重點進剿轄區內的股匪；鄖陽、襄陽軍分區組成鄂西剿匪指揮部，統一指揮鄂西南、鄂西北的剿匪部隊，重點會剿鄂西9個縣的股匪。軍區剿匪部隊冒著酷熱嚴寒，采取分進合擊、多路合圍的戰術，對股匪窮追猛打，進行重點進剿和分散駐剿。從鄂南大幕山、鄂東大別山到鄂西北山區，到處成為剿匪的戰場。
1950年4月，李先念主持軍事會議,研究制訂了“鞏固中心區、面向邊沿區，把邊沿區變成中心區，結合具體情況，軍事上統一指揮”的會剿方針，組織指揮全區部隊剿匪工作。
按照李先念的指示，湖北軍區在邊沿地區組成8個剿匪工作委員會、34個會剿指揮部（所）、20個聯防區，開展對省、縣邊沿區股匪的聯合會剿。5月初，鄂西剿匪部隊對各路股匪展開進剿。在恩施九道梁地區駐剿的湖北軍區獨立一師一部，在川東巫山縣部隊巴東縣大隊的配合下，將竄擾川鄂邊境的股匪“川鄂人民自衛軍”擊潰，迫使股匪“總司令”宋大香及“參謀長”吳順旺、“縱隊司令”宋彩凡、李殿成等匪首投降。鄂西北地區的剿匪部隊先后向巫溪、興山、巴東等地搜剿，迫使股匪“江北游擊隊司令”譚英甫投降。10月，李先念同西南軍區剿匪部隊就湘鄂會剿問題進行了協調與部署，指揮恩施軍分區部隊與川東、湘西友鄰部隊協同作戰，全殲土匪武裝“川湘鄂人民反共救國軍”，其“總司令”聶波平投降，“副司令”被擊斃, 共殲股匪5.2萬余人。至此，湖北境內股匪基本肅清。
到1952年12月，全省共殲土匪6.4萬余人，捕獲“西北司令部地下軍第三司令”田西垣等匪首270余人，國民黨特務2050余人，平息暴亂153起，保證了新生政權的鞏固與發展。
搞運動要實事求是，用干部要就地取才
1951年12月，中共中央作出了《關于實行精兵減政、增產節約，反對貪污、反對浪費和反對官僚主義的決定》，軍區按上級統一部署立即行動。運動中，李先念注意到有些單位在打“虎”中出現擴大化現象，甚至發生了數起逃亡和自殺事件。他對分管運動的干部說：“我們黨的政策一貫強調實事求是，任何人都不能以感情代替黨的干部政策，貓就是貓，虎就是虎，不能把貓說成虎”。在定案階段，李先念強調：“這是一項十分細致又極其嚴肅的工作，我們要努力做到不冤枉一個好人，不漏掉一個真正的犯罪分子”。在黨委會上，他帶頭查找運動中軍區領導工作不細、方法不當的問題，認真總結經驗教訓，促進了運動的健康開展。
李先念十分重視部隊思想政治工作。他一貫提倡繼承在戰爭年代形成的堅信黨的領導，英勇戰斗，不怕犧牲，艱苦奮斗，崇尚榮譽等優良傳統，并要求發揚光大。他了解到立功運動在軍區獨立師開展活躍，指示由政治部組織對軍區歷次立功運動進行總結，按統一標準制定頒發獎勵證書。在干部培養任用上，他始終堅持“德才并重”的原則，唯賢是舉，模范執行黨的干部政策。李先念反復告誡大家要注重團結，搞“五湖四海”。
抗美援朝戰爭爆發后，軍區擔負著擴軍、組訓、上調和肅清匪患，維持地方治安等艱巨任務，干部緊缺。為此，李先念根據中南軍區黨委制定的“就地取才、大膽提拔”的原則，要求各級黨委認真挑選一批“政治可靠、思想基礎好，積極肯干、聯系群眾，要求進步、學習較好”的骨干，選送到軍區開辦的參訓隊、輪訓隊、政治文化學校、工農中學及軍分區舉辦的教導隊進行學習培訓，并及時提拔充實到基層任職。
1951年4月，李先念主持軍區黨委常委會議，決定將軍區政治文化學校、工農中學、參訓隊等單位合并為湖北軍區軍政干部學校。他多次主持軍區黨委會議，研究討論學校的建設，在百忙之中擠出時間為學員作報告、講形勢，參觀成績展覽。到1952年8月，軍政干部學校共培訓學員3730名，成為軍區干部的搖籃。
加強地方部隊和民兵建設，落實三結合武裝力量體制
1950年6月12日，李先念主持召開湖北軍區第二次黨代表會議，確定在抓好部隊工作的同時，把做好民兵工作列為今后軍區工作的基本任務之一。至當年底，全省大部分地區建立了初步的組織機構，民兵人數達26萬人。1950年12月，他在軍區第一屆人民武裝干部會議上講話要求，從1951年1月到3月，各土改地區要有1到2個縣的民兵能單獨擔負維護社會秩序任務；到6月份所有土改地區民兵要能夠配合公安機關、公安部隊剿匪、維護社會秩序；山區及邊沿地區要在1951年底前，由民兵擔負維持社會秩序的任務。
1951年5月3日，在軍區民兵代表大會后，李先念以中共湖北省委、湖北軍區的名義簽發了《關于迅速建立各級人民武裝領導機構和干部配備的決定》，黃岡、孝感、鄖陽及宜昌、荊州等地部分縣區在1個月內調配了干部，建立了機構。當李先念了解到有些地區存在武裝干部兼職多、專職少、質量不高的情況后，又以省委、軍區名義下發了《關于建立各級人民武裝領導機構和干部配備的補充通知》，進一步明確了各級人民武裝領導機構的暫定編制。據1951年統計，全省配備縣、區人武干部2360人，民兵發展到75萬余人。
1951年1月上旬，李先念了解到一些地方的民兵組織中存在組織不純、思想落后、作風不正以及違法亂紀的現象，當即與軍區領導一起研究，要求各縣于當月底以前召開民兵代表會議，對民兵組織存在的上述問題進行重點整頓。按照李先念和軍區黨委的指示，從1951年起對民兵組織進行了軍事訓練，同時進行形勢教育、新舊社會對比的教育以及抗美援朝、保家衛國的愛國主義教育。通過軍事訓練和政治教育，提高了民兵軍事素質和思想覺悟，從而使民兵更好地擔負起“維持地方治安，鞏固農村人民民主專政”的任務。
發展農副業生產，改善部隊生活，支援和參加經濟建設
1950年1月25日，李先念出席湖北軍區召開的生產建設運動大會并作動員報告，號召軍區部隊在生產建設運動中發揮更大的作用，把生產搞得更好。他代表軍區黨委對部隊提出了“減輕人民負擔，改善部隊生活”的口號和要求。軍區各部隊一年開荒地7萬余畝，產大米410萬公斤。部隊還參加了修堤、防汛和修鐵道、運公糧等國家生產建設任務。有條件的部隊則大力從事種菜、養豬、打柴、碾米、榨油、磨豆腐等農副業生產。部隊從事生產，增加了國家財富，改善了自身生活，既增強了官兵的勞動觀念，又激發了生產的積極性。
李先念始終堅持教育軍區部隊遵循全心全意為人民服務的宗旨，積極投入搶險救災，支援社會主義經濟建設活動，保持永遠是戰斗隊，又是工作隊的人民軍隊本色。據不完全統計，在1949年到1954年的5年間，軍區部隊參加防洪抗旱投入兵力14.8萬多人次，修建公路400多公里，修復大小橋梁60余座，整治河道100多處，加固堤防60多公里，興建水利工程200余個，墾荒造田近10萬畝，植樹6000余畝，撲滅山火70余次，為恢復和發展湖北經濟作出了突出貢獻。
1952年3月，國務院和中南軍政委員會作出了關于興建荊江分洪工程的決定。李先念奉中南軍區命令，親自布置指揮修建荊江分洪工程，從軍區抽調8500人組成工程第四師開抵荊江工地。隨后，李先念又奉命組織4個水利工程團，投入荊江分洪建設。軍區投入部隊及民兵30萬人，始終戰斗在第一線，與兄弟部隊和民工一道奮戰，僅用75天時間，就完成了可蓄水60億立方米的分洪區圍堤工程和133公里的荊江大堤加固工程。
攔河大堤合攏那天，李先念親臨工地慰問參建部隊，他在接見石首縣民兵隊隊長、全國甲等勞動模范李才福時，稱贊部隊和民兵在建設中善于啃骨頭，打硬仗，發揮了骨干和主力軍的作用。
加強軍政軍民團結，發揚我軍擁政愛民的光榮傳統
李先念主持湖北省黨政軍工作期間，始終堅持黨對軍隊的絕對領導，注重密切黨政軍民關系，保持軍政一致、軍民一家。他經常要求部隊繼承和發揚我軍戰爭年代的光榮傳統，處處愛護群眾，不論是行軍作戰、剿匪、駐營整訓，還是參加地方中心工作，都堅持遵紀愛民，秋毫無犯，愛護人民一草一木。
解放武漢戰役打響后，李先念指揮部隊入城時，為了不影響市民休息，官兵露宿街頭，還節衣縮食救濟貧民。他指揮的駐扎在鄂西山區的剿匪部隊，熱情幫助老鄉挑水、砍柴、修房、鋪路、種田，把老百姓當親人。群眾感動地說“當年的紅軍又回來了”。
1950年，軍區獨立第一師響應李先念關于節約糧食救濟失業人員的號召，從伙食及農副業中節省現金1萬余元，糧食437公斤，支援城市失業工人。在他的號召下，軍區部隊進駐營房，轉入訓練、生產后，把幫助群眾春耕、“雙搶”（搶收、搶種）和冬修水利列入常年的擁政愛民活動。春節、元旦、八一等節日，軍區各部隊都廣泛組織開展擁政愛民活動。各單位領導干部請老紅軍、八路軍、新四軍老戰士講人民軍隊的建軍宗旨和擁政愛民的傳統，進行愛民教育；制定擁政愛民公約及措施，定期檢查部隊執行紀律情況，明確活動目標與要求，對違紀現象嚴肅處理；定期由領導干部帶隊，組成工作組到地方走訪慰問，開展軍民聯歡活動。通過這些具體措施和活動，把全區部隊擁政愛民工作提高到了一個新水平。