研究新四軍對日作戰，不能不研究指揮這支雄師的“頭腦”機關——新四軍司令部。縱觀八年抗戰，新四軍司令部在軍首長直接統馭下，運籌帷幄，調兵布陣，轉戰華中，血染疆場，功績顯赫，形成了諸多獨具特色的指揮中樞。
注重政治建軍 強化聽黨指揮的軍魂意識
新四軍成軍之初，作為其軍事指揮中樞的司令部機關也隨之組成。雖然初創時只有幾個人，但黨中央和毛澤東主席十分重視選拔忠于黨，經過戰爭考驗的紅軍干部擔任司令部負責人。新四軍初創時工作千頭萬緒，其領導人十分重視加強政治建設，既堅持國共合作、共同抗日大局，又沖破國民黨頑固派設置的樊籬，鍛造司令機關聽黨指揮的軍魂意識。
鍛造黨指揮槍的軍魂意識，從性質上確保司令部政治堅強。新四軍組建之初，司令部領導就清醒地認識到，盡管這支部隊的番號是國民革命軍的，軍長是國民黨委任的，部隊穿戴的是國民黨軍服、帽徽，吃的用的也有部分靠國民黨保障，但這支軍隊是中國共產黨領導的軍隊，一切行動必須聽從黨中央、中央軍委指揮。司令部在葉挺軍長、項英副軍長的指揮下，在首任參謀長張云逸的帶領下，組織南方紅軍游擊隊下山整編，有理有節地拒絕國民黨軍的控制，組織戰略展開，發展抗日武裝，創建根據地等等，面對紛繁復雜的斗爭，始終保持清醒頭腦。皖南事變后重建司令部，在賴傳珠參謀長帶領下，一切按黨中央、中央軍委指示辦事，堅決服從陳毅代軍長、劉少奇政委指揮，聚攏部隊，整軍肅伍，轉戰敵后，粉碎日偽頑夾擊，鞏固根據地，渡過最艱難的時期；直至組織部隊實行戰略反攻，奪取抗戰的最后勝利。
進行不間斷的政治教育，從制度上確保司令部政治堅強。新四軍司令部十分重視各種制度建設，特別是堅持政治教育制度。教育中，緊緊圍繞提高政治素質進行。首先，堅持黨的觀念教育，牢固樹立司令部必須由黨領導和一切聽黨指揮的觀念；再者，進行革命理想教育，確立自覺地為共產主義事業奮斗終身的人生觀和價值觀，在任何艱難險阻面前不動搖、不退卻；第三，不斷進行人民軍隊宗旨和光榮傳統教育，確立不怕流血犧牲，英勇作戰，刻苦工作，全心全意為人民服務的觀念，任何時候都要忠誠于黨，成為政治方向堅定正確的戰斗集體。
注重組織建設 鍛造會打仗打勝仗的指揮中樞
剛建立時的新四軍司令部，組織機構是沿用國民黨軍八大處的組織形式，下設參謀處、秘書處、軍需處、軍醫處、軍法處、副官處、后方政治處、軍事法院。隨后，組建留守處和兵站處。皖南事變后，新四軍一改國民黨軍指揮機構設置方式，司令部下設參謀處，參謀處下設作戰、偵察、通信、管理、隊列（人事）、教育、機要七個科。1942年至1945年，為適應抗戰形勢發展，司令部從實際出發，適時創新編制體制，進行了三次調整。第一次是1942年，全國抗戰進入最困難時期，華中根據地處境十分艱難，為適應反清鄉、反掃蕩作戰指揮，打破日偽頑的進攻和封鎖，在組織部隊精兵簡政、減輕人民負擔的同時，精簡司令部機關，撤銷參謀處，將原七個科合并為四科一隊，即作戰科、偵察科、管理科、教育科和通信總隊，由參謀長直接領導。第二次是1945年1月，中國抗戰和世界反法西斯戰爭進入反攻階段，司令部為適應全面反攻作戰需要，恢復參謀處，下設四科一室，即第一科、第二科、第三科、機要科和調研室。第三次是1945年10月，即抗戰勝利后，新四軍北撤山東，新四軍軍部兼山東軍區機關。為適應即將到來的解放戰爭的大兵團作戰指揮，司令部進行了整編，設參謀處、情報處、通信分局、調研室、炮兵司令員。其中參謀處設作戰、機要、管理三個科，情報處設一、二、三科，通信分局設一、二科。尤其是增設了炮兵司令員，加強了對特種兵作戰的指揮。司令部就像一部大機器，設置日漸科學，裝配日臻精密，運轉日趨自如。
事實上，司令機關體制變化，從初創到科學，堅持精干高效，會指揮、打勝仗的基本編成原則，確保作戰和軍隊建設需要，成為協助首長組織指揮戰役戰斗和軍事建設的高級智囊、得力助手。其最后形成的“部、處、科”的編制體制，基本沿用至當代人民解放軍的司令機關。
注重人才培養 建立能參善謀的智囊團隊
司令部參謀人員，主要由工農干部和參加革命的知識青年組成，經過軍事學校系統培訓的甚少。因此，司令部從創建之初，就重視參謀人員培養訓練，著力建設能參善謀的智囊團隊。
為加強司令機關建設，提高參謀人員水平，適應作戰指揮需要，新四軍于1938年、1939年兩次召開參謀工作會議。葉挺軍長、項英副軍長親自做報告，傳授經驗，強調“參謀處就是指揮機關”。參謀長張云逸參照《蘇聯紅軍野外教令》做專題報告，提出司令員“像人的頭腦一樣”。為了提高參謀人員軍事素質，專門成立了軍事教育委員會，編寫軍事教材，組織參謀人員學習。司令部針對這支部隊過去都在山區堅持游擊戰，現在轉入平原水網地區進行抗日作戰，面臨新的作戰對象和作戰環境，為使參謀人員盡快適應這一變化，積極組織軍事整訓。副參謀長周子昆作教育訓練專題報告。一是從軍事理論上教育。組織學習抗日游擊戰爭的理論和實踐。將毛澤東《論持久戰》等重要文章，印發全軍作為教材，同時組織學習八路軍游擊戰的經驗，使參謀人員確立在平原水網地區開展敵后游擊戰和建立根據地的思想，積小勝為大勝的持久戰思想，以弱勝強的人民戰爭思想。二是從戰術上培養。組織開展敵后游擊戰的戰術技術訓練。在戰術上，重點進行單兵到班的訓練；在技術上，進行射擊、投彈訓練。要求參謀人員研究日軍戰術，提高自身戰術素養；要求戰士學會使用手中武器，熟練各種戰斗動作，提高殺敵本領。三是從制度上養成。先后建立一系列的統一的規章制度，使司令機關按條令條例辦事，使部隊逐步走上正規化，確保全軍步調一致。主要有值班、匯報、通報、巡視、會議、報告、檢查等制度。為培養參謀人員，葉挺軍長親自上課，到操場指導演練，檢閱部隊。項英副軍長以身作則，帶頭出操，帶頭學軍事。張云逸參謀長和周子昆副參謀長，率領司令機關分頭到部隊檢查指導，發現問題，及時解決，言傳身教。這些都有力地提高了參謀人員和部隊的軍事素質。此外，組建教導總隊，大量培訓機關和部隊的指揮人才。在教導總隊設立參謀訓練班，通過理論學習，再讓他們去部隊巡視，在實踐中鍛煉；設立見習參謀制度，工作中“給他以原則，信任他自己負責去做”，從實際工作中培養參謀工作能力，“養成各參謀都有戰略、戰術的頭腦”。
重建軍部后，陳毅代軍長要求司令部“成為正規兵團有效的首腦機關”，要求下狠力培養參謀人員。司令部培養參謀人員的主要途徑是：與部隊指揮員進行交流、下部隊代職、進行參謀集訓、設立見習參謀制度、進行在職培養。司令部在頻繁的作戰中，利用一切可以利用的機會，按照上述方法培養參謀。尤其是利用部隊整訓、總結作戰經驗、組織召開軍事（作戰）會議等機會，選調一些有實戰經驗的部隊優秀指揮員到司令部任參謀，并組織參謀人員結合工作向部隊學習，在實踐中鍛煉。因此，具有較高謀略水平和綜合組織指揮能力的高層次參謀人員逐步成長，出現了一大批優秀的參謀人員。他們成為協助首長指揮大軍轉戰華中，不斷取得戰役戰斗勝利的智囊人才。
司令部通過在職學習、集中培訓、代職交流，為參謀成才拓寬路子，造就了一批智囊人才，他們自覺地從適應作戰需要出發，努力拓寬知識面，“懂得軍事謀略和指揮藝術”，認識戰略問題；精通參謀業務和熟練使用作戰指揮工具；掌握科技知識和自然常識；具有帶兵經驗、教兵方法、管兵藝術和廣博歷史知識；“養成負責的自動的創造的和科學的精密的迅速的作風”；懂得系統的收集情報和判斷情況的方法；懂得每個戰斗組織的次序與方法，知道每個戰斗后的檢閱與工作方法以及解決各問題的原則。這些智囊團隊，協助首長指揮部隊打大仗、打惡仗、打勝仗，起到了至關重要的作用。
注重戰法研究 提高善于決斷的指揮藝術
軍事工作是部隊的核心任務、中心工作。高超的軍事指揮藝術是司令部的天職。錘煉司令機關通觀全局、臨機善斷的指揮藝術，是司令部充滿活力、具有戰力的必備條件。
首先，研究戰略指導，錘煉司令機關著眼從戰略上思考全局的能力。新四軍組建初期，國民黨當局別有用心地將其部署在利于掌控的皖南山區狹窄地帶，難于戰略展開。司令部運籌帷幄，貫徹毛澤東主席 “向東作戰，向北發展，挺進敵后”的戰略方針，協助軍首長指揮部隊向大江南北戰略展開，派遣先遣隊到蘇南進行戰略偵察。隨后，組織第一、第二支隊挺進蘇南，建立了茅山根據地，乘勢擴展至東路地區，占領京（寧）滬鐵路沿線；指揮第三支隊轉戰皖南沿江地帶，同時部署第四、第五、第六支隊于皖中、皖東、豫皖蘇邊區，擴大武裝，組織游擊戰爭，建立基地；再將蘇南部隊北移長江以北的蘇中，活動于洪澤湖地區，為主力部隊挺進蘇中、蘇北奠定根基；指揮豫鄂獨立游擊支隊活動于鄂豫皖地區，在中原地區插入一顆楔子。皖南事變后，新四軍根據戰略任務需要，全軍整編為七個師一個獨立旅，主要部署在蘇南、蘇中、蘇北、淮南、淮北、皖江和鄂豫地區，扼控長江和津浦鐵路以及隴海鐵路兩側敵后地區，北與山東的八路軍戰略配合，廣泛發動群眾，建立根據地，壯大抗日武裝力量，實行持久抗戰。司令部從參謀長到機關，創新研究戰略，創新謀劃戰役戰斗，既與日偽軍進行殊死戰斗，又不斷反擊頑軍摩擦，積極開展統戰工作，使抗日斗爭有理有利有節。
第二，研究戰役戰斗指揮，錘煉司令部高超的指揮藝術。針對敵強我弱的戰略態勢，實施因敵制宜、因地制宜的戰役戰斗指揮，取得了一系列的重大勝利。首戰蔣家河口，打響了新四軍挺進敵后第一仗；江南首戰韋崗戰斗，運用伏擊戰，一舉獲勝；夜襲新豐火車站，中斷京滬鐵路；反擊頑軍大規模進攻的半塔集保衛戰，創造了以少勝多、以弱勝強、固守待援的范例；打開華中抗戰新局面的黃橋戰役，先殲強敵獨立第六旅，迫敵不敢輕舉妄動，然后文武兼用討伐李長江，迫敵棄城而逃；揭開華中敵后大反攻序幕的車橋戰役，創造了新四軍抗戰以來俘獲日軍最多的戰績，使蘇中、蘇北、淮南、淮北四塊根據地連成一片；鏟除日偽軍最后一個據點的高郵戰役，運用武力強攻、火線喊話，迫使日軍巖崎大佐獻刀投降；扭轉解放戰爭初期南線戰局的蘇中戰役，集中兵力，各個殲敵，探索了大兵團運動中速戰速決的寶貴經驗，為豐富毛澤東十大軍事原則理論提供了依據。
第三，研究創新戰法，錘煉司令部靈活運用制敵勝敵的新戰法。研究戰法、創新戰法是制勝之道。新四軍司令部針對作戰對象、作戰地域、作戰規模的變化，研究和創新了許多根據敵情、我情、民情、地形、天候和戰局發展變化，因敵制勝的作戰法則。許多創新戰法，在實戰中不斷得到檢驗，通過軍事首長的逐步總結、提煉，最后形成寶貴的軍事理論。比如：對堅固設防之敵，正面佯攻，側后包抄，選敵弱點，一舉突破，然后縱深穿插，虎腹掏心，分割圍殲；對遠距離攻擊目標，采用長途奔襲，快速運動，隱蔽敵側，突然襲擊，快速殲敵；對立足未穩之敵，采用猛打猛沖猛追，集中兵力，縱深穿插，分兵追堵，速殲逃敵；對來犯優勢之敵，采用積極防御，選擇險要，層層設防，待機殲敵；遭敵重兵包圍，采用聲東擊西，佯作多路突擊，以精兵打開缺口，突出重圍。再如：敵進我進、敵退我進、敵集我散、敵大我避、敵小我欺；對大股掃蕩的敵人，化整為零、時聚時散，隨打隨分，分散游擊；對小股掃蕩的敵人，化零為整，集兵殲滅；圍點打援，攻其必救；牽牛鼻子，先游后擊等等。特別是新四軍副軍長羅炳輝率領司令機關創新戰法，總結出一套誘敵、迷敵、擾敵、糾纏、遲滯、阻擊、伏擊、奇襲、反擊、殲滅等游擊戰術，諸如“火燒野牛”、“四兩撥千斤”、“狼牙簽與滾雷西瓜戰”、“梅花樁戰術”等，尤以“梅花樁戰術”最為有名。這些創新的戰法，都成為打擊日偽頑軍的殺手锏。
在八年抗戰中，新四軍司令部在軍首長指揮下，新四軍對日偽軍作戰2.46萬余次、斃傷日偽軍29.37萬余人、俘日偽軍12.42萬余人，另有5.4萬余名日偽軍官兵投誠、反正；進行反頑作戰3200余次，斃傷俘頑軍官兵14.3萬余人；創建8塊抗日根據地，面積達25.3平方公里，人口達3420萬，建立171個縣以上政權機構，為中國人民抗日戰爭和世界反法西斯戰爭勝利做出了巨大貢獻。