1937年12月日軍南京大屠殺期間，身為棲霞寺主持的寂然法師懷著大慈悲之心，毅然打開寺門，設佛教難民收容所，接納2.3萬難民達4個月之久。他像二戰中保護猶太人的德國商人辛德勒一樣受人景仰，被譽為中國的“辛德勒”。
主動打開寺門接納難民
1937年12月13日清晨，經過4天苦戰，中國守軍敗退，日軍分六路攻入南京主城區。一部分難民無路可逃，涌向了矗立在棲霞山南面的棲霞寺，沒來得及逃脫的軍人也脫掉軍裝，加入逃難的人群中。安靜的棲霞寺一下子喧嚷起來，難民痛苦的求助聲、孩子凄厲的哭聲、傷兵的呻吟聲，充斥在寺院內外。
棲霞寺主持寂然法師沒有猶豫，立即打開寺廟大門，給這些可憐的生命提供生存的機會。于是，寺廟的前殿后廳擠滿了饑寒交迫的難民，為了盡量躲避寒冷，有的難民甚至躲進了寺廟千佛巖的洞窟里。
面對這么多的難民，寂然法師沒有一句怨言，在大本、志開二位法師協助下，于寺中設佛教難民收容所4個月之久，與日軍斗智斗勇救護了2.3萬難民。當時有些僧人提出不同看法，寂然法師鼓勵眾僧：“如今國難當頭、眾生有難，應當學習阿彌陀佛的四十八愿普度眾生，應當學習觀音菩薩的慈悲精神為我中華尋聲救苦。”
2003年，棲霞寺內挖出石碑。其中有兩碑刻著題為《寂然上人碑》，上面真實描述了當時救助難民一事。“民國二十六年七月，盧溝橋事起，烽火彌漫，旋及滬京。載道流亡，慘不忍睹。上人（指寂然法師）用大本、志開兩法師之建議與相助，設佛教難民收容所于本寺。老弱婦孺，護救者二萬三千余人，日供兩餐，時逾四月……”
掩護抗日將領脫身
在避難的兩萬多難民中，有200多人是抗日軍人，其中官職最高的是國民黨第二旅中校參謀主任廖耀湘。他當時是日軍全城搜捕的對象。
廖耀湘的到來給原本就不平靜的棲霞寺帶來了更大的危險，引起了寺里爭議。寂然法師知道兩萬多名難民已經讓棲霞寺承受了巨大的壓力，而收留抗日官兵，無疑更增添了風險。一旦被日本人發現，所有避難民眾與僧人都將性命難保。
寂然法師把廖耀湘等藏到了藏經樓里，不讓他們出來，每天親自給他們送飯。但為了寺里其他難民們的安全，廖耀湘必須離開。寂然法師多方努力，聯系上當時江南水泥廠難民營的辛德貝格與京特，偷偷將廖耀湘用小船送到了江北。
1945年抗戰勝利后，廖耀湘重游棲霞寺感謝眾佛門弟子的救命之恩，并且題下了“凱旋，與舊友重還棲霞”條幅。
派佛家弟子冒死下山籌糧
日軍多次襲擾棲霞寺，面對敵人的殘暴，寂然法師義憤填膺，他記錄下了日軍在棲霞寺內所犯的種種喪盡天良的罪行，他將這份有20位知名人士代表難民簽署的信件，轉交時任南京安全區國際委員會主席的拉貝先生的手中，這封《以人類的名義致所有與此有關的人》的信件，成為揭露日軍在南京所犯罪行的鐵證，收入《拉貝日記》。
寂然法師的信件，惹惱了日軍軍官，他們要求寂然法師解散難民所。而此時棲霞寺面臨的還不只是被解散的危險，2萬多難民使原本糧食儲備就不多的棲霞寺面臨著斷糧的危險。不僅如此，被日軍打傷的難民也需要醫藥救治，這一切急壞了寂然法師和他的師兄弟。
寂然法師號召僧人一日兩餐，以減少飲食，保證給難民供應一天兩餐的稀粥。他親自采來草藥給傷者療傷。他說：“修行之法，日食兩餐，補濟饑餓，救難民生命為第一修行大要。”
當時寺里有1000多畝良田，當家和尚把寺里所有的糧食都拿出來，可2萬多人吃飯還是個大問題。寂然法師派佛家弟子下山籌糧。月基法師帶著弟子進城，在靜海寺一帶千方百計從日本人手里拿到一點糧食和藥品。靠著一口流利的京都口音的日語，月基法師成了難民營的外交官。但這個工作的危險性相當大，有一次月基法師帶著四個弟子出去搞藥材，結果只回來了兩個人。
直到1938年3月，日本在南京結束了屠殺行為，2萬多難民離開了棲霞寺，寂然法師才關閉棲霞寺難民所。但由于積勞成疾，1939年10月12日，寂然法師溘然病逝。
法師一生，愛國愛教，濟世救民，于艱苦極深之際毫無退縮，鐵肩負厄處之怡然，實為佛門楷模。為緬懷先輩懿德，抗戰勝利重逢甲子之期，棲霞寺敬造法師銅像，望先師覺靈不泯，笑看盛世鳳華，默佑蒼生；亦告我同胞，毋忘國恥，勵精圖治，振興中華。
附：《以人類的名義致所有與此有關的人》
至此，我們向您簡要匯報該地的情況及本寺廟所遇到的騷擾。
南京淪陷以來，每天都有數百人逃至我廟尋求保護，要求安置。我寫此信的時候，寺廟里已聚集了2.04萬人，大部分為婦女和兒童，男人們幾乎都被槍殺或被擄去為日本士兵當苦力。
下面，我們扼要地列出日本士兵自今年1月4日以來所犯下的罪行:
1月4日：一輛載著日本士兵的卡車駛來，他們掠走了9頭牛，并勒令中國人為其宰殺，以便把牛肉運走。與此同時，他們放火焚燒鄰近的房屋以消磨時光。
1月6日:從河上來了很多日本士兵，他們搶走了難民的1頭毛驢，并搶走了18個鋪蓋卷。
1月7日:日本士兵強奸了一位婦女和一個年僅14歲的少女，搶走了5個鋪蓋卷。
1月8日和9日:有6位婦女被日本士兵強奸。他們像往常一樣闖進寺廟，尋找最年輕的姑娘，用刺刀威逼她們就范。
1月11日:有4名婦女被強奸。喝得酩酊大醉的日本士兵在寺廟內胡作非為，他們舉槍亂射，擊傷多人，并損壞房屋。
1月13日:又來了許多日本士兵，他們四處搜尋并掠走大量糧食，強奸了一位婦女及其女兒，然后揚長而去。
1月15日:許多日本士兵蜂擁而來，把所有年輕婦女趕在一起，從中挑出10人，在寺廟大廳對她們大肆奸淫。一個爛醉如泥的士兵晚些時候才到，他沖入房間要喝酒、要女人。酒是給他了，但是拒絕給他女人。他怒火沖天，持槍瘋狂四射，殺害了2個男孩后揚長而去。在回到火車站的路上，他又闖進馬路的一間房子，殺害了一位農民70歲的妻子，牽走了1頭毛驢，然后縱火把房屋燒了。
1月16日:繼續搶劫、奸淫。
1月18日:盜走了3頭毛驢。
1月19日:日本士兵大鬧寺廟，砸壞門窗和家具，掠走7頭毛驢。
大約在1月20日，開來了一支新的隊伍，換下棲霞山火車站的崗哨。新來部隊的指揮官是個少尉，他心地較好，自他來后，形勢明顯好轉。他在寺廟內設了一個崗，哨兵努力把專來搗亂、偷竊和搶女人的士兵拒之于寺廟大門之外。因此，我們害怕，一旦這位少尉撤離此地被派往別處，原來可怕的情景會重新出現。所以，我們請求你們，不管是誰，只要能幫助我們阻止重現這種慘無人道的殘暴行徑即可。安置在我們這兒的難民百分之八十已失去了一切，他們的房屋被毀，牲口被殺，錢財被搶。此外，許多婦女失去了丈夫，孩子沒有了父親，大部分年輕男子遭到日本士兵的殺害，另一部分則傷的傷，病的病，躺在這里缺衣少藥，誰也不敢上街，害怕被殺害，而我們還只剩下少量的糧食儲備。我們的農民既無水牛又無稻種，怎能春耕播種呢？
在此，我們所有簽名者再次懇請您的幫助。
棲霞山寺廟
1938年1月25日