1942年初的一天，轉移至蘇中的蘇南澄錫虞（江陰、無錫、常熟）中心縣委接到新四軍第六師師長譚震林的指示：設法渡江南下，重新打開澄錫虞地區局面。中心縣委立即派包厚昌帶領6個偵察員先期前往偵察，拉開了他四渡長江下江南的序幕。
“清鄉隊”渡江偵察
渡江，并不是一件容易的事。自日偽清鄉后，敵人巡邏汽艇日夜在江中搜捕可疑船只，江邊上幾百里竹籬笆連成一片，從瀏河口一直筑到江陰，江岸邊隔幾百米就是一個碉堡。怎么越過層層防線？包厚昌與偵察員討論來討論去，最后商量出一個辦法：化裝成敵人的“清鄉隊”，大大方方地過江。
2月的一個夜晚，他們出發了，乘坐的是江陰漁民釘碗麻子的小船。釘碗麻子是他們的一個關系戶，安全可靠，技術也好。那天，江上風急浪高，小船如水中一片樹葉，一會兒被推上浪尖，一會兒又被拋到浪底。好在釘碗麻子是個老船公，施展全身本領駛著小船前行。突然，遠處傳來了巡邏汽艇的馬達聲，他們的心一下子提到嗓子眼，一個個握著槍，扣住手榴彈的弦，準備戰斗。但馬達聲由近及遠，在江中轉了個彎開走了。有驚無險。船公趁著呼呼的西北風，越過長江天險，送他們鉆出竹籬笆上岸了。
此時天已大亮，他們迎著太陽，7個人7條槍大搖大擺地向著清鄉區走去。走到江陰周莊附近，碰上了一支真清鄉隊。
偵察班長大聲喝道：“哪里來的？”
“自己人。”真清鄉隊里有人答道。
“這兩天新四軍有什么活動？”偵察班長又道。
“新四軍？哪里還有什么新四軍，早就走光了。”
“自己人的情況怎樣？”
“東邊有二師徐蓬藻的部隊，西邊有十三師、十師的部隊，那邊的鎮上駐著皇軍。”說罷各自走開。之后又碰上幾支清鄉隊，如法炮制。
就這樣走了整整一天，7人餓得前心貼后背，半夜才到達浦市里。浦市里曾是新四軍的根據地，群眾基礎很好，但近來情況有所變化，積極分子大多慘遭迫害，一般的群眾心里很矛盾，盼著新四軍的到來，新四軍來了又不敢接近。于是，他們找到偽保長家，在他家門口大喊：“洋先生來查戶口了，快開門，快開門。”偽保長一聽慌忙起床開門，7個“清鄉隊員”一擁而入。坐下來后，包厚昌亮明身份。偽保長害怕新四軍，結果讓他們在家里住了一宿，吃了一頓飽飯。
第二天，他們離開偽保長家，一路尋找，一直找到寨門才找到一個地下關系人。在一個小茅棚里，包厚昌與錫東縣委書記劉明等人見面了。包厚昌了解到，錫東縣委靠短槍隊的支持，利用敵偽頑之間的空隙，已經恢復活動了，并且解決了西倉、后喬、鴻聲里3個據點，繳了20余支步槍，組織了一個武工隊，有了一小塊根據地。完成任務后，包厚昌一行返回蘇中。
遭敵圍追含淚北撤
根據偵察來的情況判斷，中心縣委研究出了軍事反清鄉的方針和計劃。抽出50余人，組織一支精悍武裝，開展游擊戰；另外還要帶著三四十個地方干部，過江后留下一批在江陰，到無錫再留下一批，以恢復群眾工作，配合游擊武裝，進行反清鄉斗爭。
5月7日，包厚昌一行第二次渡江南下。這一次，他們在江陰和常熟交界的店岸上岸，這里是清鄉的邊沿區，他們受到了老百姓的歡迎。包厚昌被一位農民拉回家剛要吃飯，一陣機槍聲從東北方向傳來。他放下碗，拿起望遠鏡一看，四五十個日軍邊打槍邊慢慢地向著他們的駐地走來。這時西南邊又傳來槍聲，包厚昌從望遠鏡中看到，西南邊有幾百個鬼子和偽軍向他們駐地撲來。包厚昌跑到圩岸上判斷情況，“叭”一聲槍響，他的棉褲被打了個對穿洞，好在只擦破了皮，但鮮血染紅了棉褲。此刻，西北方向也響起了槍聲，大批偽軍圍了上來，他們被合圍了。
包厚昌判斷，東南方向的敵人少，且只有偽軍，行動也比較遲緩，就從這里突圍。包厚昌命令連長帶領一個排把西南方向威脅最大的敵人擋住，他自己帶領一個班掩護三四十個地方干部向東南方向突圍。到了傍晚，他們突圍到達陸家橋附近的一個小村莊，找到三四間小屋，四五十人擠在一起休息。
第二天一早，敵人又來了，他們立即向錫東轉移。這樣且戰且走，第四天才到達許家橋，與錫東縣委的武裝隊會合。沒多久，敵人又追了上來。這次是日軍小野少將坐鎮無錫安鎮，對錫東地區動用了二三千兵力。包厚昌他們在敵人的隙縫里穿來穿去，整整打了一天。
第二天，包厚昌帶著一個排連夜轉移到虞西，剛剛走近一個村莊，就聽到人喊馬嘶，村莊已經駐滿了敵人。他們只能再次轉移。剛剛到達顧山附近，他們又被敵人包圍了。他們幾十個人聚在一個屋內，大家扔掉被服，只拿著一支槍和幾顆手榴彈。這場戰斗，敵我差不多一個屋一個屋地爭奪，整整相持了一天。傍晚，在暮色中，包厚昌看到西南方向的一座橋上只有幾個人看守，他命令部隊沖上去，這才又突出重圍。
這樣邊走邊打，13天時間里打了15仗。在以后的7個月里，過江的部隊同志，有的犧牲，有的負傷，也有人經不起考驗逃跑了，更有個別人投敵叛變。地方干部也遭到很大的損失，縣委書記等同志都犧牲了。包厚昌帶領的武裝部隊剩下了一個管理排長，兩個偵察員，他們化裝成農民，挎著竹籃，含淚北撤。
爭取道徒建立武裝
1945年農歷年三十，吃過年夜飯，包厚昌與司令部一部分人員帶了一個警衛班、四五百只手榴彈和大批的文件，第三次南渡長江。正月十五元宵節這天，
包厚昌正在檢查工作，錫東縣委派人來報告，安鎮附近的先天道，聚集著大約2000人，頭裹黑布，手拿大刀，口念五雷訣，在安鎮附近的上山村劈死了十幾個鬼子，20余個偽軍。
包厚昌非常吃驚。先天道發源于華北，1941年清鄉前后擴展到無錫。它是一個反動團體，為什么忽然集中2000人去打敵偽呢？為了弄清真相，包厚昌立即趕到安鎮附近，此時，暴動的群眾已經散去，他找到一個了解先天道情況的地下黨員，以及加入先天道的群眾了解情況。
安鎮北面的上山村，先天道頭目就聚居在這里，他們的口號是：先打新四軍，后打忠救軍，再打東洋人。當時日偽征糧收稅抽壯丁，群眾勒緊褲腰帶還是無法活下去，迫切要求反抗日偽軍。這一天安鎮的日偽軍知道先天道在上山村集會，也去了上山村。他們一到，群眾中有人高喊：快來打鬼子，快來打鬼子啊。大家齊聲響應，就這樣被群眾砍倒了10多個日軍和20多個偽軍，群眾也傷亡了數十人。事發后，暴動的群眾四散到各個鄉村。后來，附近鄉村的群眾聽說先天道打鬼子，紛紛加入先天道。
地委具體研究了先天道的情況，肯定先天道的上層是反動的，但大多數底層是基本群眾，上山村暴動實質是反迫害反征糧反抽丁的農民暴動。地委遂決定：打入內部，分化瓦解其上層，爭取團結中下層，把群眾引導到正確的道路上來。
安鎮暴動后，錫澄地區許多村莊的農民都參加了先天道。先天道上層把所有道徒按清朝軍隊編制分為旗、營、標。
錫澄縣委決定抓幾個為首的示眾。
地委根據錫澄縣委的匯報，立即通報各縣委，組織共產黨員參加先天道，把這一波瀾壯闊的農民暴動引導到正確方向上來。不久，先天道幾十個基層的標長都成了共產黨的人。共產黨人提出“保村莊、保太平、打鬼子、反土匪”的口號，被中下層群眾接受。先天道頭目和特務被孤立了，群眾開始接受共產黨的領導，無錫、江陰、常熟、武進等地的10萬先天道徒參加了反日偽、反頑軍的民眾暴動。暴動后，先天道活動的地區幾乎全部成為新四軍的控制區，黨的活動也從秘密轉向公開，4月份正式建立各縣抗日民主政府，把先天道暴動中的積極分子組織成游擊隊，建立了各縣的地方武裝部隊。這個任務完成后，1945年6月，包厚昌回到了蘇北。
日軍投降前，包厚昌又從蘇北帶了一個連的主力部隊再次渡江南下，配合地方組織迎接抗戰勝利的到來。