孔憲濤在報告會上演講
1980年，我去上海長征醫院看望當年二醫大醫療系老同學孔憲濤，他帶我參觀了他們實驗診斷科，并送我一本他編寫的《臨床免疫學技術》。孔憲濤自1981年擔任研究生教學任務以來，帶出了144名研究生，其中博士生86名，碩士生58名。這些研究生，后來成為正、副教授的有100多名，擔任博士生導師的有30多名，中國工程院院士有2名。孔門弟子幾乎占長征醫院科主任的一半，第二軍醫大學基礎部教研室主任多名，上海市數十家三甲醫院中的檢驗科主任1/3出于孔門，還有分散在軍內外、國內外的許多教授也出自孔門。因而，上海市醫學界常稱孔憲濤的學生為“孔家軍”。為此他獲得全國優秀教師及全軍伯樂稱號。
到奶牛場取小牛血自制試劑
在上世紀70—80年代，免疫疾病的治療還是個新課題。孔憲濤知道，一種疾病的新治療方法往往是先在實驗室完成的，臨床則是對科研成果的應用。當時醫院集中財力從國外購買了一些實驗儀器，但試劑進口代價昂貴。怎么辦？孔憲濤決心自己研制。于是，他帶著助手跑到郊區奶牛場。在奶牛場，通常情況下母牛生了小牛犢，若是母的就留下養大成為奶牛，公的就殺掉賣給西餐館做牛排。孔憲濤就幫助工人殺牛，取小牛血帶回來制備抗血清試劑。他制備的抗血清，與上海生物制品研究所的進口試劑對照，完全一致。
腎病專家梅長林，讀博時要做一項檢測肝硬化的Ⅲ型膠原蛋白的研究。孔憲濤經常帶著他天不亮就趕往郊區奶牛場，因為胎牛皮內Ⅲ型膠原蛋白含量最高。他們幫助殺好牛后，將胎牛皮慢慢剝下，切碎、冰凍，再急忙趕回醫院，稍有不慎便會前功盡棄。有時即使一切按程序做，也可能由于不明原因而失敗。在孔憲濤的指導下，梅長林經過七八個月研究，終于獲得成功。只要用一滴血，就能檢驗出肝硬化，這項成果獲全軍科技進步二等獎。
有些試劑合成過程中會冒出劇毒氣霧，為安全起見，孔憲濤就戴著防毒面具做實驗。學生們隔著玻璃罩看到導師做實驗的情景，深受感動。幾年之內，孔憲濤帶領幾位技術人員，自力更生，先后合成了或制成了近20種抗血清，制備了50余種新的試劑，其中20余種填補了國內外試劑產品的空白。原先賣儀器的外國公司，等著他再去買他們的試劑，哪里知道孔憲濤他們不僅試劑自給自足，而且還向外出售，成為上海和華東地區的試劑中心。
攻關臨床免疫疾病
醫學科學實驗的目的是為臨床診斷服務。孔憲濤探索研究免疫學，是為了治療免疫疾病。以往我們對免疫疾病缺乏認識，如變態反應疾病(包括風疹、鼻炎、哮喘、腎炎、肺炎、貧血、血小板減少及一些皮膚病等)，自身免疫疾病(包括類風濕關節炎、結節性動脈炎、甲狀腺炎、原發性肌炎、交感性眼炎等)， 這些疾病發病率高。此外還有免疫缺陷病、感染性疾病等，也知之甚少。
免疫球蛋白分子病，是一種惡性血液病，對人體危害較大。孔憲濤認為，分子病外國有，我國也肯定會有，只是見了不認識或檢查水平低而已。因此，他在實驗研究中根據蛋白分子的不同特征分析判斷，如對蛋白分子ΙɡΑ的分子變異，他查閱了大量資料，經過多方論證，作出了ΙɡΑ半分子病的正確診斷。
從1978年起，孔憲濤在國內先后發現了五種免疫球蛋白分子病，為我國填補了空白，在國際上爭得了榮譽。在30多年的研究中，他們總結了400余例檢測免疫球蛋白分子病的經驗，歸納出診斷該類疾病的八步程序，為醫學界開創這類疾病檢查打下了基礎。在探索研究中，他們還發現其他多種蛋白病，總結提出了鑒別良性與惡性蛋白血癥的五條要點，為醫院臨床醫生提供了寶貴經驗，推動了臨床醫學的發展。
肝炎、肝硬化、肝癌嚴重危害人民的身體健康。孔憲濤根據我國人群發病形勢，對肝硬化的發病機制開始進行實驗研究，這也是他在臨床免疫疾病研究上的第二個重點。他從大量肝炎發展為肝硬化的病例測定中觀察到免疫球蛋白增高的現象，用免疫學診斷的方法，對消化系統疾病進行檢測，取得了進展。他先后帶領30多名博士、碩士等技術人員，研究建立了透明質酸、Ⅰ型膠原等十多種新的檢測方法，對肝炎、肝硬化發生機制進行了成功研究。
孔憲濤用免疫球蛋白測定方法，了解肝炎的發展變化，在實驗中探索到肝炎變化機制后，還發現了肝硬化免疫球蛋白增高的規律。他在肝硬化形成機制研究上，先后完成了分子免疫學、基因調控等20余項實驗課題，建立了十多種肝纖維化早期檢測方法，為慢性肝病、早期肝硬化提供了重要診斷依據，使我國肝病檢測方法達到了國際先進水平。
注重培養學生動手能力
孔憲濤帶研究生，有他獨特的辦法。他說：“在實驗室里做研究，就得從刷瓶子開始，這樣可以檢驗一個人的動手能力。”院士王紅陽是孔憲濤帶教的笫一名碩士研究生。她說：“28年前孔教授給我上的笫一堂課就是刷瓶瓶罐罐，每天雙手各提一桶25公斤重的蒸餾水爬三樓，累得滿頭大汗。刷試管要刷18遍，試管要一點水跡沒有。”她理解孔教授這是要培養學生的動手能力。王紅陽說：“沒有孔教授，當年我的課題就沒法完成，如沒有這個課題成果，1984年我就不可能作為第三世界青年科學家出席在加拿大召開的世界免疫大會。”
孔憲濤的學生徐滬濟，到澳大利亞讀博，導師看到他動手能力很強，很快就有論文發表，問他的中國老師是誰，他說是孔憲濤。于是那位導師提出，快請他來。這是孔憲濤笫一次到國外訪問的原由。
鼓勵學生超越老師
孔憲濤認為，任何一位導師，能教給學生的知識和技能總是有限的，關鍵是要導出學生的創新能力。孔憲濤對學生們說：“我對你們的要求，就是要超過我。”“你們的論文我一看就懂，會令我失望。如果我一時看不懂，要通過學習鉆研才懂，那才有希望。”
院士曹雪濤說：“孔教授有海納百川的胸懷，讓學生站在自己肩膀上超過自己，培養的學生一個比一個優秀。他的實驗室成為培養人才的搖籃，發揮出很大的輻射作用，輻射到科研、教學、臨床各方面。”現在，曹院士的學生先后發表了八篇優秀博士論文，在博導中全國排名笫一。他說：“在這一點上，我繼承了我導師的胸懷，就是讓學生超過自己。”正是因為有這樣的胸懷，孔憲濤竭力將學生推上世界舞臺。現任實驗診斷科主任仲人前，博士畢業后孔憲濤推薦他到美國加利福尼亞大學、澳大利亞亞德里克大學著名臨床免疫實驗室深造，學成回國后，孔憲濤將科主任職務讓給了他。
孔憲濤對他的學生們提出“要超過我”的要求，后來不少學生超過了他。2006年，長征醫院血液科主任侯健，診斷出華人第一例ΙɡE骨髓瘤，孔憲濤高興地說：“太好了，當年我做了成百上千的標本，沒有發現一例，現在你發現了，把華人多發性骨髓瘤系列補齊了。”
孔憲濤帶研究生，很重視培養學生的創新能力。他的學生王杰軍讀博時做層黏蛋白研究遇到困難，去找孔憲濤。孔教授并不直接教他辦法，而是和他聊天，探討啟發他。談著談著，王杰軍來了靈感，趕快回到實驗室接著做，終于成功了。
東方肝膽外科醫院檢驗科主任高春芳，讀博時做肝的星狀細胞研究。當時德國人剛做出來，但他們用的什么方法不知道。孔憲濤就和高春芳聊，啟發她創新。于是她與碩士生研究創造了一種方法，當分離到第18次時，星狀細胞分離出來了，這項成果屬國內首次，世界第二。高春芳說：“教授沒有教你方法，卻讓你有激情，有想法，有辦法。”
隨著科學的發展，孔憲濤對研究生要求也更高了。上世紀80年代末，孔憲濤要求學生論文上“中華牌”(即登中華醫學雜志)，這在當時已是很高的要求了。后來孔憲濤又鼓勵學生“打世界牌”，在國際著名醫學雜志上發表論文。1989年，他的學生葛依工在某國際著名醫學雜志上發表了一篇論文，孔憲濤在科里反復表揚，希望大家向他學習。長征醫院骨科主任王強說：“孔教授從不強迫我們做什么，但從他鼓勵什么，我就知道要做什么。”教授一鼓勵，他所有的學生都發SCI。上世紀90年代初，他的學生王強想到英國去做博士后，外國導師一看標書上記載有五篇SCI，立即表示，趕快來！孔憲濤的學生不少走上科研、教學崗位，也有較多的人走上臨床工作，還有畢業后出國深造的，真是孔門桃李滿天下。