1946年1月10日，國共雙方在重慶簽署了停戰協定，13日24時，遵照協議雙方停止了一切戰斗行動。為了監督停戰，調處在停戰中發生的沖突，14日，在北平成立了由國民黨政府代表鄭介民、共產黨代表葉劍英、美方代表羅伯遜及工作人員組成的軍調處執行部。月底，由全國各黨派代表和無黨派代表38人參加召開的政治協商會議，通過了關于廢除一黨專政，實行民主改革，保衛國內和平等五項協議。同時還進行了劃定停戰線，整編軍隊和改組政府等問題的談判，并達成了整軍方案。
中共中央華東局和新四軍兼山東軍區，堅決遵照中共中央指示和中央軍委的部署，立即命令各地各部隊停止戰斗和破壞交通，就地堅守陣地，集結整訓，進行和平停戰教育。2月15日，中共中央華東局發出了《百日練兵工作的指示》，進行3個月的練兵運動。
蔣介石對實行政治改革，走和平建國的道路毫無誠意，而把停戰協議當作準備發動內戰和欺騙人民的外衣。1946年2月10日，派出特務搗毀在重慶校場口慶祝政協成立大會，打傷郭沫若、李公仆等愛國民主人士。鎮壓全國各地舉行的反內戰群眾游行，秘密逮捕、暗殺進步人士，制造了“南通慘案”。在軍事上進一步調整指揮系統和兵力，在東北強占中長鐵路沿線的大中城市。在華東，成立了徐州靖綏公署和南通、濟南、賈汪三個綏靖司令部，將隴海路以南的15個軍整編為整編師，以完善內戰作戰體制。同時利用地痞流氓、散兵游勇以及地主還鄉團、保安隊，不斷向解放區騷擾和蠶食。
新四軍兼山東軍區和華東各地的黨政領導機關，嚴格遵照中共中央的指示，從維護和平的大局出發，力避沖突，并對國民黨軍蓄意制造事端、破壞停戰協定的行動進行公開揭露和抗議。3月2日，軍事三人小組張治中、周恩來、馬歇爾來到華東地區作停戰后的實地考察。陳毅、黎玉、葉飛至濟南，向三人小組匯報山東各地國共沖突的情況，有理有據的揭露了國民黨大肆起用偽軍，通過鐵路運兵向解放區進攻的真相，接著陳毅陪同三人小組至徐州，聽取了粟裕、譚震林的匯報。
在軍事上，新四軍對國民黨軍和偽軍的蠶食進攻，進行堅決的反擊。在華中地區，將部署在隴海路沿線的第六、第八、第九縱隊，南調至蘇中高郵、邵伯、海安一線和淮北靈璧地區，擔任南通至揚州一線的防務和對徐州以南津浦路之警戒。為了迎擊國民黨軍可能對蘇中地區的大舉進攻，中共中央華中分局和華中軍區，在蘇中地區積極進行土地改革，并于4月底和5月上旬，對作戰部隊進行擴編。以第六縱隊與蘇中軍區獨立旅，在高郵地區擴編為第六師，轄第十六、第十八兩個旅。在如皋地區擴編為第一師，轄第一、第三兩個旅。以華中軍區第五軍分區4個團和華中解放第四軍合編為第十縱隊。6月初，將在山東的第二縱隊第五旅調回淮南，與第六旅、獨立旅組成新的第二師兼淮南軍區。上述部隊編成后，華中軍區、華中野戰軍作戰部隊擴大，擁有3個師、3個縱隊、7個旅共35個主力團約5萬人，野戰作戰能力和機動性有了提高，為粉碎國民黨軍對華中解放區的大舉進攻創造了條件。
在山東地區，山東野戰軍于6月7日發起討逆戰役，攻克棗莊等據點30余處，控制膠濟鐵路200公里及津浦路濟南南北段400公里，大大改善了山東地區反對國民黨軍進攻的戰略態勢。戰役期間，羅炳輝親赴棗莊前線，因過度勞累，在1946年6月21日返回臨沂軍部途中，突發腦溢血，在蘭陵逝世。
中共中央華東局、新四軍兼山東軍區，還組織解放區群眾開展生產和減租斗爭，貫徹中共中央《五四指示》，進行土地改革，沒收地主的土地分給農民，在農村打倒封建勢力，使廣大農民在政治上翻了身，在經濟上得到土地，從而極大地調動了農民的積極性。廣大翻身農民，為了保衛土地、保衛家園，踴躍參軍支前。