1946年12月23日，中共中央根據(jù)解放戰(zhàn)爭形勢的需要，決定山東軍區(qū)和華中軍區(qū)合并組成華東軍區(qū)，山東野戰(zhàn)軍和華中野戰(zhàn)軍合并組成華東野戰(zhàn)軍，統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)山東和華中的軍事斗爭。1947年1月21日，新四軍兼山東軍區(qū)與華中軍區(qū)合編為華東軍區(qū)，山東野戰(zhàn)軍與華中野戰(zhàn)軍合編為華東野戰(zhàn)軍。新四軍番號至此撤銷。華東野戰(zhàn)軍司令員和政委陳毅兼，副司令粟裕，副政委譚震林，參謀長陳士榘，政治部主任唐亮，副參謀長劉先勝、張元壽，政治部副主任鐘期光。野戰(zhàn)軍下轄第一、第二、第三、第四、第六、第七、第八、第九、第十、第十一、第十二共11個步兵縱隊和1個特種兵縱隊。其中由新四軍部隊組建與發(fā)展起來的有：第一縱隊、第二縱隊、第四縱隊、第六縱隊、第七縱隊、第十一縱隊兼蘇中軍區(qū)、第十二縱隊兼蘇北軍區(qū)、特種兵縱隊。整編后華東軍區(qū)、華東野戰(zhàn)軍共有部隊42萬余人，其中野戰(zhàn)軍29萬余人。為堅持和加強華中地區(qū)的斗爭，1947年9月又成立華中指揮部，統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)指揮第十一、第十二縱隊及蘇中、蘇北軍區(qū)所屬軍分區(qū)。還以華中野戰(zhàn)軍第九縱隊第七十七、第八十一團和第七軍分區(qū)騎兵大隊、洪澤湖大隊組成淮北支隊，返回淮北地區(qū)開展游擊戰(zhàn)爭。淮南支隊率部挺進淮南敵后開展游擊戰(zhàn)爭。
除在華東地區(qū)的新四軍部隊，在解放戰(zhàn)爭中得到發(fā)展壯大外，在中原地區(qū)突圍的原新四軍第五師部隊也得到恢復(fù)與發(fā)展。突圍至豫陜鄂地區(qū)的部隊8000余人，組成晉冀魯豫野戰(zhàn)軍第十二縱隊。1947年12月，第十二縱隊改為重建的中原軍區(qū)江漢軍區(qū)。原第五師的其他部隊分別編成桐柏軍區(qū)、鄂豫軍區(qū)。
赴東北執(zhí)行任務(wù)的原新四軍第三師部隊在1946年1月14日，編入東北民主聯(lián)軍序列。后于1947年11月整編為東北野戰(zhàn)軍第二縱隊和第六縱隊第十六師、第七縱隊第十九師等部。
1949年1月15日中共中央軍委發(fā)布命令，全軍統(tǒng)一整編。華東野戰(zhàn)軍于1949年2月9日改稱第三野戰(zhàn)軍，司令兼政委陳毅，副司令兼第二副政委粟裕，第一副政委譚震林，參謀長張震，政治部主任唐亮、副主任鐘期光，后勤司令部司令兼政委劉瑞龍。
此外原在華中地區(qū)的一些地方軍區(qū)、地方武裝也得到很大的發(fā)展。重新組成了皖北、蘇北軍區(qū)，籌建了蘇南、皖南軍區(qū)，并組建了12個警備旅，隸屬于各軍區(qū)。北撤時留在浙東、蘇南、皖南沿江地區(qū)的游擊武裝，都在極為艱苦的環(huán)境中，長期堅持斗爭，并在斗爭中不斷地得到發(fā)展。他們在蘇南建立了新四軍蘇浙皖邊支隊，在浙東繼續(xù)打出新四軍浙東游擊縱隊旗號，重建了“三、五支隊”，在皖南恢復(fù)了新四軍沿江支隊，部隊發(fā)展到3000余人。他們在國民黨嚴密統(tǒng)治的心臟地區(qū)堅持不屈不撓的斗爭，牽制和打擊國民黨軍，緊緊依靠人民，獨立自主的發(fā)展壯大自己。
從1937年10月新四軍組建起，至1949年10月新中國成立時止，從開始的1萬人發(fā)展成為中國人民解放軍12個野戰(zhàn)軍和一部分地方軍區(qū)，共約40萬余人，為中華民族解放事業(yè)和建立新中國作出了巨大的貢獻。