1941年1月25日，新四軍軍部重建大會在蘇北鹽城隆重舉行，參加會議的有新四軍指戰員、鹽城各界代表千余人。會上劉少奇宣布了中共中央軍委關于重建新四軍軍部的命令，陳毅發表就職演說。新軍部機關以華中新四軍八路軍總指揮部機關為基礎組成，設司令部、政治部、供給部、衛生部、軍工部、財經部。新四軍軍部的重建，標志著國民黨頑固派妄圖取消新四軍的反動命令破產，新四軍從此進人了新的發展時期。過去，新四軍因受國民黨限制，部隊編制、活動范圍處處受阻，妨礙了新四軍和華中抗日斗爭的發展，軍部重建后，完全擺脫了國民黨當局的限制，在中共中央和中央軍委領導下，可以放手發展抗日武裝，可以獨立自主地肩負起華中敵后抗戰的重任。軍部重建后，由于調整加強了領導力量，糾正了項英的錯誤，保證了中共中央的正確路線在新四軍得到全面貫徹執行．新四軍得以更加健康地發展。新四軍軍部的重建，是新四軍發展史上新的里程碑；對于堅持和發展華中抗戰。克服投降逆流，奪取抗戰勝利；都有著十分重要的意義。
新四軍軍部重新成立后，將隴海鐵路以南、長江南北地區的新四軍八路軍部隊統一整編為新四軍7個師又1個獨立旅，軍直屬單位還有特務團、總兵站、抗日軍政大學華中第五分校、魯迅藝術學院華中分院，共9萬余人。
第一師，由原新四軍蘇北指揮部及所屬部隊組成。師長粟裕(侗族)、政治委員劉炎，政治部主任鐘期光。原第一、第二、第三縱隊依次編為第一、第二、第三旅，共1.3萬余人。第一旅旅長兼政治委員葉飛。第二旅旅長王必成，政治委員劉培善。第三旅旅長陶勇，政治委員劉先勝。第一師活動于東瀕黃海，西抵京杭大運河，南瀕長江，北至淮安、大岡、斗龍港一線的蘇中抗日民主根據地，與日本中國派遣軍總司令部駐地和汪精衛偽國民政府首都南京及大都市上海隔江相望，擔負著堅持蘇中抗日游擊戰爭和作為新四軍主力部隊進行機動作戰的任務。
第二師，由原新四軍江北指揮部及所轄部隊組成，師長張云逸兼，政治委員鄭位三，副師長羅炳輝，參謀長周駿鳴，政治部主任郭述申。原第四、第五支隊改編為第四、第五旅，原江北游擊縱隊編為第六旅。全師1．5萬余人。第四旅旅長梁從學，政治委員王集成。第五旅旅長成鈞，政治委員趙啟民。第六旅旅長兼政治委員譚希林。第二師還轄津浦路東聯防司令部、津浦路西聯防司令部、抗日軍政大學第八分校。第二師活動于東起運河，西至淮南鐵路、瓦埠湖，北臨淮河，南瀕長江的淮南抗日民主根據地，長期擔負著堅持淮南抗日游擊戰爭和對西防御國民黨軍東犯的任務。
第三師．由原八路軍第五縱隊組成。師長兼政治委員黃克誠，參謀長彭雄，政治部主任吳文玉(吳法憲)。原第一、第二、第三支隊依次編為第七、第八、第九旅，全師共2萬余人。第七旅旅長彭明治，政治委員朱滌新。第八旅旅長田守堯，政治委員吳信泉。第九旅旅長張愛萍，政治委員韋國清。第三師活動于隴海鐵路以南、淮安、大岡、斗龍港以北，東瀕黃海，西至運河的蘇北抗日民主根據地。地處侵華日軍華北、華中兩軍的接合部，是聯系華北、華中兩大抗日根據地的樞紐。第三師擔負著堅持蘇北抗日游擊戰爭和作為新四軍主力部隊進行機動作戰的任務。
第四師由原八路軍第四縱隊組成，師長兼政治委員彭雪楓，參謀長張震，政治部主任蕭望東。原第四、第五、第六旅依次編為第十、第十一、第十二旅。另轄蕭縣獨立旅、特務團、騎兵團、宿東游擊支隊、抗日軍政大學第四分校，共1.5萬余人。第十旅旅長劉震，政治委員康志強。第十一旅旅長滕海清，政治委員孔石泉。第十二旅旅長譚友林(未到職，饒子健代)，政治委員賴毅。蕭縣獨立旅旅長縱翰民，政治委員李中道。第四師活動于隴海鐵路以南、淮河以北，新黃河以東，運河以西的淮北抗日民主根據地。扼華中交通樞紐，是聯系華北和華中抗日民主根據地的紐帶，又是向東挺進蘇北、向西發展中原的前進陣地。第四師擔負著堅持淮北抗日游擊戰爭，對西防御國民黨東犯，進而向河南省敵后發展的任務。
第五師由原新四軍豫鄂挺進縱隊組成。師長兼政治委員李先念，參謀長劉少卿，政治部主任任質斌。原所屬部隊分別編為第十三、第十四、第十五旅及第一、第二游擊縱隊，鄂豫邊區抗日保安司令部、鄂豫邊區黨委警衛團、鄂南獨立第五團、抗日軍政大學第十分校，共1.4萬余人。第十三旅旅長周志堅，政治委員方正平。第十四旅旅長羅厚福；政治委員張體學。第十五旅旅長王海山，政治委員周志剛。第一縱隊司令員楊經曲，政治委員張執一。第二游擊縱隊司令員黃林，政治委員劉子厚。鄂豫邊區保安司令部司令員鄭紹文，政治委員夏忠武。第五師活動于武漢四周，地跨鄂、豫、皖、湘、贛5省邊區，處于日蔣重兵對峙的險惡環境中，長期遠離軍部，孤懸敵后，擔負著獨立堅持鄂豫邊區抗日斗爭的任務。
第六師由原在江南的新四軍第二、第三支隊組成。第二、第三支隊依次編為第十六旅、第十八旅。師長兼政治委員譚震林，參謀長羅忠毅，另轄江南保安司令部及第四、第五、第六行政區保安司令部，共6000余人。第十六旅旅長羅忠毅兼，政治委員廖海濤。第十八旅旅長江渭清，政治委員溫玉成。江南保安司令部司令員何克希，政治委員吳仲超。第六師活動于西起南京、蕪湖，東至淞滬，北瀕長江，南抵天目山麓的蘇南抗日民主根據地，戰斗在日偽的心腹地區，擔負著堅持蘇南抗日游擊戰爭的任務。
第七師由原新四軍無為游擊縱隊、第三支隊挺進團及皖南突圍出來的部隊組成。師長張鼎丞(未到職)，政治委員曾希圣，參謀長李志高，政治部主任何偉，轄第十九旅及挺進團，近3000余人。第十九旅旅長孫仲德，政治委員曾希圣兼；第七師活動于東起江浦、西到岳西、宿松，南至太平、旌德，北臨合肥，長江橫貫其中的皖江抗日民主根據地。該地區是南京的門戶，長江的咽喉，向東可打通與第二、第六師的聯系，向西可打通與第五師的聯系。第七師擔負著堅持皖南和發展皖中抗日游擊戰爭的任務。
獨立旅由八路軍第一一五師教導第五旅組成。旅長粱興初、政治委員羅華生，原轄第十三、第十四團依次改編為第一、第二團，又以淮海地區的淮河大隊改編為第三團，共4000余人。該旅主要活動于淮海區與魯南抗日根據地的接合部。
此后，為了加強對地方抗日武裝的領導，在淮海、蘇中、鹽阜、淮北、誰南等根據地還先后成立了軍區和軍分區。1941年3月，淮海軍區成立，覃健任命令員、金明任政委；4月，蘇中軍區成立，粟裕兼任司令員，劉炎兼任政委；9月，鹽阜軍區成立，洪學智任司令員，劉彬任政委；10月，淮北蘇皖邊軍區成立，賴毅任司令員，劉子久任政委；1942年1月，淮南蘇皖邊軍區成立，楊梅生任司令員，劉順元任政委。