日軍在其計劃被打亂的情況下，出動主力及大批偽軍對蘇中進行報復“掃蕩”，企圖夾擊泰州地區新四軍主力，進攻鹽城。第一師鑒于討李戰役的目標已經實現，為避開敵人鋒芒，遂主動撤出，以團為單位，轉入農村，進行短暫休整和反“掃蕩”，并以主力一部轉移至東臺以北，打擊北犯日軍。日軍轉而集中兵力對新四軍第一師活動地區東臺、如皋等地進行報復性的大“掃蕩”，反復搜尋第一師主力與之決戰，但一無所獲。1941年12月，日偽軍對蘇中根據地發動了冬季“掃蕩”，兵分兩路，向如皋縣東部豐利鎮和東臺縣三倉地區合擊。第一師兼蘇中軍區集中10個團的兵力，在北起三倉，南達長江，東至梅濱，西至古溪、興化，縱橫數百里的地區內，全面展開反“掃蕩”作戰，迫使日軍倉促撤回原防，停止“掃蕩”。
太平洋戰爭的爆發，使日軍在舉兵南進之際，一時無力在華占領區采取大的軍事行動。但是，隨著戰局的發展，日軍加緊推行“以戰養戰”、“以華制華”的政策，為此，日軍更多地收編和利用偽軍，對抗日根據地發動了一場所謂的“總力戰”。1942年，蘇中敵后斗爭仍處于相持狀態，日偽軍連續不斷地發起“掃蕩”、“清剿”，平均每星期進行一次出動兵力500人左右的小“掃蕩”，每半月進行一次出動兵力千人以上的較大規模的“掃蕩”。第一師兼蘇中軍區采取一面鞏固，一面發展，在有利條件下積極殲敵的方針，一次又一次地粉碎了日偽軍的“掃蕩”，并主動襲擊日偽軍防守薄弱的據點。日偽軍在蘇中“掃蕩”接連受挫后，從1942年6月起，實施了三次大規模的“清剿”行動。敵人的每次“清剿”都是先集中兵力對“清剿”區分進合擊，撲空后即分兵四處“掃蕩”，逐村搜索搶掠。其隨軍工作隊分組下鄉，召集會議，進行欺騙宣傳，建立偽政權。面勸敵人的“清剿”式“掃蕩”，新四軍第一師兼蘇中軍區及時跳出“清剿”區，尋機殲敵，部分地方武裝和民兵就地堅持，與敵糾纏；在“清剿”區外的各地，積極向當面之敵發動攻勢，策應“清剿”區作戰。軍民同心，配合反“掃蕩”，取得了一個又一個勝利。