為了鞏固敵后抗日根據地，團結各階級、階層的人民，把抗戰引向勝利，1940年3月6日，中共中央發出了關于抗日根據地政權問題的黨內指示，第一次提出了“三三制”政權原則。指示提出：“在抗日時期，我們所建立的政權的性質是民族統一戰線的。”“根據抗日民族統一戰線政權的原則，在人員分配上，應規定為共產黨員占三分之一，非黨的左派進步分子占三分之一，不左不右的中間派占三分之一。”根據中共中央的指示精神，華中各抗日根據地逐步建立了“三三制”政權，并在各根據地的《施政綱領》中明確規定了政權組成上必須實行“三三制”的政策原則。華中抗日根據地政權，是華中各抗日階級聯合專政的政權，代表各抗日階級階層人民的利益，是具有中國特色的新民主主義政權結構模式。
皖南事變后，華中地區在實現黨和軍隊統一領導的同時，政權建設也在華中局的統一部署下開展起來。參照陜甘寧邊區和華北抗日根據地經驗，各根據地一般要求建立起“參議會一一行政委員會一一行政公署一一專員公署一一縣政府”的政權體制。其中參議會是根據地政權的最高權力機關，行政委員會是根據地政權的最高執行機關，行政公署是行政委員會設立的政務機關即辦事機構。但是，由于各地政權工作的基礎不一樣，斗爭環境和任務也各不相同，因此，建立“三三制”政權的工作是從各地實際情況出發逐步實現的。從實施情況看，各根據地因皖南事變后激烈的三角斗爭環境，一般未能及時召開民選的參議會，而是首先建立起比較統一的各級行政機關，即“行政委員會（行政公署）一一專員公署一一縣政府”的政權系統，成為發動和組織根據地全民抗戰的強有力的杠桿。
在蘇南根據地，1941年3月，由新四軍第六師師長譚震林等人發起組織江南行政委員會。4月1日正式成立江南行政委員會，何克希任主任，下轄6個行政督察專員公署，接著又籌建江南行政公署，后因斗爭環境險惡被迫中斷。1943年3月，選舉產生了第二屆蘇南行政委員會，建立了蘇南行政公署，江渭清兼行署主任，鄧振詢任行署副主任。在蘇中根據地，1941年即籌備召開蘇中參議會，并一直沿用蘇北臨時行政委員會的名稱。1942年5月，蘇北臨時行政委員會改組為蘇中行政公署，管文蔚任行署主任。在蘇北根據地，1941年9月，鹽阜區行政公署成立，宋乃德任行署主任，賀希明、計雨亭（黨外人士）任副主任。1942年3月淮海區專員公署撤銷，淮海區行政公署成立，李一氓任行署主任，陳月齋（黨外人土）任副主任。1942年淮海區召開第二屆參議會，金明當選為參議長，吳月波（黨外人士）當選為副參議長。同年10月21日，鹽阜區首屆參議會在阜寧縣農村召開，黃克誠當選為參議長，黨外人士宋澤夫、龐友蘭當選為副參議長，曹荻秋當選為行署主任，賀希明、計雨亭當選為行署副主任。1945年6月，鹽阜、淮海兩區合并，成立統一的蘇北行政區，7月，蘇北臨時行政委員會成立，李一氓任主任委員，曹荻秋、計雨亭任副主任委員。原鹽阜、淮海兩個行署分別改為專員公署。在淮南根據地，第一屆臨時參議會選舉鄧子恢為參議長，黨外人士朱雨江、趙堅為副參議長，并選舉鄧子恢為津浦路東聯防辦事處主任。1942午1月，路東聯防辦事處改為淮南蘇皖邊區行政公署，方毅、汪道涵分任行署正、副主任。1943年1月，成立了統一領導津浦路東和路西兩個地區的淮南行政公署。方毅、汪道涵分任行署正、副主任。在淮北根據地，選舉產生了蘇皖邊區第一屆參議員，接著召開了蘇皖邊區第一屆臨時參議會，黨外人土孔祖南、吳靜宜分別當選為正、副參議長。1941年8月，淮北蘇皖邊區行政公署成立，劉瑞龍、劉玉柱分別任行署正、副主任。1942年10月，召開淮北蘇皖邊區第二屆參議會，選舉劉子久、吳靜宣為正、副議長，劉瑞龍、陳蔭南為行署正、副主任。在皖江抗日根據地，1942年7月，成立皖中行政公署（后改名為皖江行政公署），主任呂惠生，副主任唐曉光。同月，皖中參議會正式成立，選舉愛國民主人士金稚石為議長，周新武與民主人士陳可亭為副議長。1945年1月，浙東行政公署在余姚梁弄成立。連柏生為主任，吳山民為副主任，轄四明、三北、會稽、淞滬4個專區、10個縣級政權及6個縣級辦事處。