新四軍成立時政治部設有敵工部，負責對日偽軍工作的組織領導。1939年3月，周恩來在皖南對新四軍的敵軍工作提出要求：“用—切方法動搖敵軍軍心，使他們部隊里面反戰情結高漲，不愿意打仗”，“把瓦解偽軍的工作放在很重要的地位，不僅在軍事上消滅他，而且在政治上瓦解他，使敵人不敢運用偽軍”，要“利用維持會、偽軍等做內線，為我們偵察敵情，通報消息，將來時機成熟可以里應外合”，“在大城市中建立秘密的工作”。
新四軍重建軍部后，隨著蘇南、蘇中、蘇北、淮南、淮北、豫鄂、皖中（皖江）、浙東等抗日根據地相繼建立，敵軍工作亦成為各根據地一項重要工作。為貫徹中共中央指示，加強對敵偽軍工作的組織領導，華中局于1941年10月25日發出專門指示，強調指出：加強敵偽軍工作，已成為華中全黨全軍一個極其重要的工作，必須以最大決心和毅力來加強這一工作，才能長期堅持華中，才能保證鞏固華中抗日民主根據地。根據中共中央和華中局的指示，相繼建立并逐步健全了敵偽軍工作的領導機關和辦事機構，各地委、縣委亦成立了敵軍工作部門，在與敵偽接近的地區成立了敵工站。在皖江，新四軍第七師政委曾希圣曾親自兼任區黨委聯絡(敵工)部部長。在淮北，第四師號召全區要挑選最好的干部到敵占區去，并將區黨委敵工部和第四師敵工部合并，統一領導地方和部隊的敵軍工作。各根據地從上到下建立起了—套完整的敵軍工作機構，為開展敵偽軍工作奠定了強有力的組織基礎。
由于日偽軍不斷對抗日根據地進行“掃蕩”、“清鄉”，在兵力上和裝備上又處于優勢，給根據地造成極大的損失。為了化被動為主動，粉碎日偽軍的陰謀，及時獲知敵軍的動向就成為對敵斗爭中的緊迫任務。為此，各根據地派出大量得力人員，采取各種形式，利用各種社會關系，打入到敵人內部去獵取情報。建立情報網，做到知己知彼，以避敵鋒芒，乘機打擊敵人。淮北區經過一年多工作，，在偽軍據點建立了情報關系。其中11個據點能主動向新四軍送情報，45個據點敵人出發時新四軍可以及時獲悉。蘇南區敵工委派人打入浦東日偽軍內部，每次當日偽軍對根據地進行“掃蕩”時，新四軍均可及時獲悉，使根據地軍民能安然轉移，隨日偽軍尾部打轉，情況最緊急時甚至可以進入偽軍據點隱蔽。在丹北地區，不少戰斗都是敵工站先派人收集情報，找向導，配合內應，取得勝利。皖江區黨委及各地委、縣委聯絡(敵工)部下設敵工、情報、交通三個部門。從敵人內部搞到的情報，依賴于“交通”的迅速傳遞，否則就不能發揮作用。當時日偽據點星羅棋布，封鎖線縱橫交錯，中間又有長江天險阻隔，傳送情報的工作任務繁重而艱險，由于根據地各級黨委的重視，都能出色地完成任務。
為了動搖日偽軍的軍心，各根據地大力加強了宣傳工作，在敵人經常活動的地區刷寫醒目的大標語：印制各類宣傳品，通過散發、張貼、郵寄、送交等各種方法，不斷地將宣傳品送到日偽軍和偽組織等偽方人員中，將根據地出版的報紙，通過各種渠道向日軍和偽軍、偽組織散發。浙東區還出版了日文版的《解放周報》，專門對日軍開展宣傳攻勢，從而使日軍的思想情緒逐漸發生變化，由思鄉、悲觀，發展到厭戰、怠戰、反戰，削弱日軍的戰斗力。有的日軍主動向新西軍投誠。偽軍、偽組織人員在強大的、經常不斷的宣傳攻勢下，紛紛從附逆變為能為新四軍利用的“兩面派”或“三面派”。各根據地還普遍進行了偽屬的調查和登記工作。在廣泛調查登記的基礎上，動員偽屬爭取偽軍和偽組織人員。
抗日根據地在偽軍中開展的“紅黑點運動”，是群眾性敵軍工作的又一創造。蘇中區黨委敵工委、地委敵工分委、縣委敵工部成立后，于1943年在全區范圍內對偽軍開展了“紅黑點運動”，即對偽軍、偽警、偽組織人員做一件好事記一個紅點，做一件壞事記一個黑點，在一定時間予以公布，張貼在碉堡、崗樓、電桿上。用紅點鼓勵偽方人員改惡向善，用黑點給以警告，促其自新，對堅決擾害人民的則予以鎮壓，造成對偽方人員強大政治壓力，促進了偽軍偽組織內部的分化。
各根據地還開展了交通要道的敵軍工作，長江工委經過艱苦細致的工作，建立起了連接長江兩岸的秘密交通線，掩護大批干部和知識分子安全地在敵人嚴密封鎖的長江防線上通行無阻。皖江根據地設立沿江秘密交通線，第七師抽調得力干部秘密進入長江中心的老洲，組織了以偽軍名義出現的小分隊，還建立了“兩面派”政權老洲鄉公所，使老洲這個江心小島牢牢地掌握在第七師手中，日、偽、頑都無法插足，滾滾長江成了皖江區和新四軍第七師人員南來北往的坦途。蘇北根據地中共鹽阜地委還開辟了一條從蘇北到上海的海上交通線，打破了敵人對鹽阜及整個蘇北區的封鎖，完成了運送干部和大批軍需民用物資等艱巨任務。
各根據地通過組織敵后武工隊，開展邊緣區敵軍工作。為了打破敵人的經濟封鎖，解決根據地人民緊缺的各種物資，還秘密派出人員到敵占城市開展工作。淮北區黨委特地成立徐州工委和蚌埠工委，專門爭取大股偽軍反正。徐州工委遵照中共中央和華中局指示，重點爭取汪偽淮海省省長兼徐州綏靖公署主任郝鵬舉反正。經過一段時間構工作，淮北區黨委書記鄧子恢親自接見偽軍上層人物，終于將偽淮海省宣傳處長兼軍政干部學院少將教育長高漢、偽第六路軍第一師師長乜庭賓、第二師師長張奇等人發展為中共特別黨員，搞到了日偽的大量情報。抗戰甫告勝利，即策動了郝鵬舉部偽軍2萬人反正，在華中地區產生了很大影響。